Virulence et faible évolution génétique de virus de la maladie de Newcastle vélogènes isolés en Ouganda

La maladie de Newcastle est toujours une maladie sévère de la volaille, en particulier dans les systèmes de production de secteur 4 (basse-cour), et ce malgré la vaccination des volailles commerciales. La volaille apparemment saine provenant de marchés d’oiseaux vivants a été soupçonnée d’être une source majeure de la propagation de la maladie dans les élevages villageois. Cette étude avait pour but de (i) vérifier la présence de souches virulentes dans les marchés en Ouganda et (ii) comprendre leur lien moléculaire avec les souches responsables d’épizooties dans la région et dans le monde. Entre janvier et juin 2011, 1357 échantillons ont été collectés et 114 souches du virus de la maladie de Newcastle ont pu être isolées (8,7 % de prévalence par isolement) sur de la volaille apparemment saine provenant de marchés d’oiseaux vivants de tout le pays. Les isolats ont été pathotypés en utilisant trois méthodes : durée moyenne avant la mort sur œufs embryonnés (MDT), index de pathogénicité intracérébrale (ICPI) sur poussins de 1 jour, et séquençage du motif du site de clivage de la protéine de fusion. Les gènes de la fusion (F) et de l’hémagglutinine-neuraminidase (HN) d’une partie des isolats ont également été séquencés. Les isolats, tous vélogènes, ont été classés en génotypes et sous-génotypes sur la base du système de génotypage récemment décrit par Diel et al (2012). Les virus ougandais appartiennent à un nouveau sous-génotype : Vd, au sein du génotype V. Ce sous-génotype ne comprend que des souches ougandaises et kenyanes. Les virus ougandais présentent une faible diversité génétique, notamment en comparaison avec leurs homologues vélogènes d’Afrique de l’Ouest. La présence de souches de virus de la maladie de Newcastle virulentes dans des marchés d’oiseaux vivants peut représenter un risque pour des épizooties de maladie de Newcastle dans des élevages non commerciaux.