Diversité génétique des virus H5 hautement pathogène détectés dans le sud-ouest de la France en 2015-2016

Depuis l’identification d’un virus H5N1 hautement pathogène en Dordogne fin novembre 2015 sur des poulets de basse-cour (première détection d’un tel virus en France depuis 2007), 81 foyers en élevage ont été identifiés dans dix départements du sud-ouest de la France. Ces virus ont principalement été mis en évidence dans des élevages de palmipèdes mais également dans des élevages de poulets ou pintades. L’analyse des séquences d’hémagglutinine des virus identifiés dans ces différents foyers a montré qu’elles sont toutes directement apparentées entre elles (site de clivage original HQRRKRGLF), ainsi qu’avec des virus H5 faiblement pathogènes ayant précédemment circulé en Europe, mais qu’elles ne sont pas directement apparentées aux séquences des H5 hautement pathogènes de la lignée Gs/Gd/1/96 (potentiellement zoonotique). Grâce à des analyses de « Time of the Most Recent Common Ancestor » (tMRCA), l’âge de l’ancêtre commun de ces séquences H5 hautement pathogènes a été estimé à début 2014 (± 1an). De plus, la détermination du gène de la neuraminidase a permis d’identifier 3 sous-types (N1, N2, N9), indiquant que des phénomènes de réassortiment ont déjà eu lieu avec d’autres virus Influenza aviaires. L’étude des gènes internes obtenus jusqu’à présent pour plusieurs virus H5N1, H5N2 et H5N9 hautement pathogènes, conforte l’idée que de nombreux réassortiments ont déjà eu lieu, indiquant un nombre important de co-infections depuis l’apparition du premier virus H5 hautement pathogène.