Détection de QTL chez la poule pondeuse dans un contexte alimentaire changeant

Les objectifs de sélection appliqués chez les poules pondeuses intègrent aussi bien des caractères de production que des caractères de qualité des œufs. De nombreux QTL influençant ces deux groupes de performances ont été détectés. Il est par ailleurs établi que l'environnement à un effet sur ces caractères. Toutefois aucune étude n'a encore estimé les interactions entre QTL et environnement. La présente étude vise à progresser sur cette thématique en recherchant des QTL exprimés dans des environnements différents. Pour cela, 438 coqs d’une lignée pure commerciale ont été génotypés à l’aide de la puce Affymetrix® Axiom® HD 600k SNP. Les données de production et de qualité des œufs ont été acquises sur 31 381 de leurs filles croisées. La moitié des filles a été nourrie avec un régime bas en énergie métabolisable (2 455 kcal) et l'autre moitié avec un régime haut en énergie métabolisable (2 881 kcal). Ces poules ont été placées en cages collectives de 12 pleines ou demi-sœurs. La production d’œufs a été mesurée de 18 à 75 semaines, et découpée en quatre intensités de ponte, I1 (18 à 30 semaines), I2 (31 à 49 semaines), I3 (50 à 75 semaines) et Iglob (18 à 75 semaines). Les caractères de qualité (couleur de la coquille, solidité, forme, poids, et qualité interne) ont été mesurés à 50 et 70 semaines. La performance d’un coq a été estimée par la moyenne des performances de ses filles dans un régime. L’analyse GWAS a permis d’identifier de très nombreux QTL. Par ailleurs, une interaction QTL avec l’environnement a été mise en évidence pour 65 d’entre eux. Cela soulève la question de la nécessité de prendre en considération l'interaction du génotype avec l’environnement pour la sélection génomique.