Analyse fonctionnelle des régions génomiques associées à la réponse à la coccidiose à Eimeria maxima chez des poulets de chair

La coccidiose est une parasitose intestinale causée par des espèces du genre Eimeria, très répandue dans les élevages avicoles à l’origine de pertes importantes par son impact direct sur la production et les mesures de lutte associées. La gestion intégrée de cette pathologie devrait conduire à inclure dans les programmes de sélection des critères relatifs à la réponse des animaux à la coccidiose. Notre objectif a donc été d’étudier la variabilité de la réponse de poulets de chair à Eimeria maxima et d’identifier les régions génomiques associées, puis de comprendre les mécanismes biologiques sous-jacents. Pour cela, nous avons réalisé une infection expérimentale sur 2 024 animaux et mesuré des phénotypes (poids, température, lésions et de nombreux paramètres sanguins) de la réponse des animaux. Afin de comprendre les bases génétiques de cette réponse, ces animaux ont été génotypés à l’aide d’un panel de 580K marqueurs SNP. L’étude d’association génomique a permis d’identifier des régions du génome très significativement associées avec le gain de poids, la coloration plasmatique ou le taux plasmatique de β2-globuline. Une analyse des fonctions biologiques des gènes a révélé la grande importance des voies biologiques de métabolisme énergétique et de certains paramètres de réponse innée. Une analyse des interactions a identifié des réseaux très significatifs centrés sur des fonctions de réparation intestinale ou cardiovasculaires. Les marqueurs génétiques identifiés lors de cette étude peuvent être utilisés dans des programmes de sélection.