Variations structurales du genome entre des populations sauvages et domestiques de poules gallus gallus

Les travaux réalisés jusqu’à présent pour comprendre au niveau génomique les causes des différences morphologiques, physiologiques et comportementales entre les poules sauvages et les races et lignées de poules domestiques se sont principalement basés sur des données moléculaires de type SNP. Pourtant, il a été montré que d’autres types de variations du génome jouent un rôle dans l’évolution des oiseaux. Cette étude compare les tailles de génome de la Poule rouge de jungle et de plusieurs races et lignées de poule, et recherche l’origine des variations en se concentrant sur les séquences dupliquées (CNV, Copy Number Variation). Des données de séquence ont été obtenues sur 3 espèces de poules sauvages et sur 18 races et lignées de poules domestiques. L’analyse des CNV a été réalisée à l’aide de CNVator, en se limitant aux régions pouvant être alignées sur le génome de référence de la poule. Les résultats montrent que les variations de taille de génome ne peuvent être causées par des éléments transposables. En revanche, des variations structurales significatives sont causées par des ADNr, des répétitions au niveau des télomères, des centromères, et de l’ADN satellite subtélomérique, ainsi que par des duplications de segments chromosomiques. Une partie de ces variations serait due à la domestication de la poule, et une autre à la sélection réalisée intra-race ou lignée. Compte-tenu de la présence de gènes dans ces régions, il est possible que ces modifications structurelles du génome aient joué un rôle dans l’adaptation des races et lignées de poules aux environnements humains.