Utilisation des bactériophages comme traitement naturel et efficace des bactéries pathogènes en pisciculture

Différentes espèces de bactéries pathogènes impactent fortement les élevages piscicoles, notamment de salmonidés. Chez la truite, les 3 espèces majeures responsables de bactérioses sontYersinia ruckeri,Aeromonas salmonicida etFlavobacterium psychrophilum. D’autres bactéries pathogènes aquacoles commeVibrio harveyi, pathogène majeur du bar européen, sont également bien connues. Le recours aux antibiotiques est une option de traitement possible et dont les limites sont nombreuses. L’antibiorésistance bactérienne est un inquiétant problème de santé globale et les effets collatéraux sur le microbiote peuvent être néfastes pour le développement des poissons. Des solutions alternatives prometteuses pour améliorer la santé des élevages piscicoles, comme l’utilisation de microorganismes probiotiques, sont en plein essor. Le challenge est de concevoir des solutions de traitement ciblant les bactéries pathogènes, tout en préservant le microbiote, et pouvant être utilisables en milieu ouvert pour traiter des volumes importants. Objectifs : Dans cette démarche One Health, la société Greenphage développe des solutions antibactériennes de précision, naturelles et biodégradables, à base de bactériophages pour une utilisation sur de grands volumes aquatiques. Ces microorganismes naturels sont des virus antibactériens présents dans tous les environnements. Leur activité antibactérienne élevée et spécifique, avec un spectre d’hôte étroit, permet de cibler une espèce bactérienne précise sans impact sur le microbiote des poissons. Depuis une dizaine d’années les bactériophages représentent l’alternative la plus prometteuse aux antibiotiques car leur utilisation en mélange (cocktail de plusieurs bactériophages) permet même de contourner la résistance bactérienne. Leur capacité de reproduction est particulièrement adaptée à leur utilisation en milieu ouvert où ils vont pouvoir se multiplier au contact de leur bactérie cible, avant de disparaitre, sans résidu, du fait de leur biodégradabilité. Méthodologie : Pour chaque cible bactérienne déterminée, Greenphage a développé un process complet qui permet d’isoler des bactériophages à partir de l’environnement, de les caractériser puis de les sélectionner afin de formuler des cocktails efficaces. Nous avons également élaboré un procédé technique permettant la production de bactériophages concentrés, > 109 phages/ml, à des volumes industriels compatibles avec les besoins des élevages piscicoles. Résultats : Début 2024, Greenphage a conçu une solution de traitement contre la bactérieEscherichia coli et a traité avec succès les 2500 m3 journaliers d’eaux usées d’une industrie agroalimentaire située en Bretagne. Une diminution d’environ un log de la concentration enE. coli a été obtenu, permettant d’atteindre une qualité de l’eau conforme aux normes. Conclusions / Perspectives : En ciblant les bactéries pathogènes aquacoles, la société Greenphage se propose de développer rapidement de nouvelles solutions antibactériennes commercialisables : - association avec des aliments aquacoles standard ou des probiotiques bactériens pour améliorer de la santé des élevages. En collaboration avec la société Greensea, un projet de complémentation de leurs microalgues par des bactériophages est en cours. - traitement des eaux en entrée et sortie de site d’élevage aquacole pour améliorer la qualité des eaux.