Transcriptome de la complémentarité des fonctions entre le gésier et la jonction gastro-duodenale chez le poulet de chair

La capacité des poulets à digérer des matières premières variées est un des éléments clés de la durabilité des élevages avicoles. Gésier et intestin doivent fonctionner de façon concertée et synchronisée pour optimiser l’efficacité digestive. Les ARNs de gésier et de la jonction gastro-duodénale ont été séquencés pour 20 individus (10 EMAn+ et 10 EMAn-) issus d’un croisement F2 entre 2 lignées divergentes pour leur efficacité digestive et nourris avec un régime peu digestible. Les analyses statistiques des données de comptage RNA-seq n’ont pas permis d’identifier de gènes différentiellement exprimés entre les deux groupes EMAn+ et EMAn-, quel que soit le tissu malgré les différences phénotypiques observées. Ceci s'explique par une variabilité individuelle importante, notamment au sein de la population EMAn-. Pour lever ce verrou, nous avons développé une approche originale d'analyse fonctionnelle qui consiste à comparer de manière indirecte les réponses des deux groupes. Nous avons tout d’abord établi, pour chacun des groupes, une liste de gènes différentiellement exprimés entre le gésier et la jonction gastro-duodénale afin d'étudier la complémentarité des fonctions. Nous avons ensuite comparé ces deux listes. Au total, 8390 gènes sont différentiellement exprimés entre ces deux tissus chez les individus EMAn+, et 8402 chez les individus EMAn-. Parmi ces gènes, 1337 sont spécifiques des individus EMAn+ et 1349 des individus EMAn-. L'analyse fonctionnelle par « Gene Ontology » des listes de gènes spécifiques montre un enrichissement significatif en gènes impliqués dans la différenciation des cellules de support aux neurones chez les individus EMAn+, garants de la bonne communication entre cellules. De façon intéressante, le terme « Response to food » est enrichi chez les individus EMAn-, qui sont plus sensibles à la qualité de l’aliment. Cette analyse fournit une vision globale de l’impact de la sélection sur la complémentarité de fonctions entre gésier et intestin des poulets de chair, balance essentielle pour une digestion efficace.