Suivi de l’évolution génétique des réovirus aviaires en France (2016-2023) et premières applications du séquençage Oxford Nanopore

Les orthoréovirus aviaires (ARV) sont responsables de diverses affections cliniques chez la volaille. Parmi celles-ci, l’arthrite virale à orthoréovirus est associée à des troubles locomoteurs et donc une réduction de performances chez le poulet de chair. Depuis près de dix ans, malgré la vaccination des reproducteurs, de nouveaux foyers sont régulièrement identifiés en raison de l’émergence de souches échappant à la protection vaccinale. Cet échappement vaccinal s’explique notamment par la variabilité du gène S1 codant pour la protéine de surface sigma C, principale cible des anticorps neutralisants. La variabilité de ce gène en fait le support du génotype viral pour définir l’appartenance des souches à l’un des 5 génogroupes ou « clusters » décrits à ce jour. Ces émergences de réovirose aviaire soulignent l’intérêt de disposer d’outils de détection et de typage performants pour affiner le diagnostic et les enquêtes épidémiologiques. L’enjeu réside également dans le développement d’outils permettant d’évaluer la performance des solutions vaccinales disponibles sur le marché vis-à-vis des souches sauvages. Depuis 2016, un suivi de terrain en collaboration avec des vétérinaires avicoles a permis de recruter 87 suspicions de réovirose aviaire – sur la base d’éléments cliniques et pathologiques – dont 69 ont été confirmées positives pour l’ARV par PCR temps réel. Le gène codant pour la protéine Sigma C a été séquencé pour 32 cas par la technique de Sanger, ce qui a permis de classer les souches sauvages au sein des génotypes 1.2 ou 4 (les deux souches vaccinales commerciales appartenant aux génotypes 1.1 ou 1.2). La caractérisation plus fine de ces souches repose sur le développement d’un protocole de séquençage de génomes complets par la technique Oxford Nanopore permettant notamment de détecter de nouveaux variants et des souches réassortantes (avec, dans cette étude, un focus sur 3 des 10 segments viraux). De plus, ces données participeront à l’enrichissement des bases de données génomiques pour mieux comprendre la diffusion et l’évolution des souches sauvages. L’objectif à terme est de proposer aux acteurs de la filière volaille une solution leur permettant d’évaluer « en temps réel » la pertinence des solutions vaccinales disponibles pour contrôler les souches sauvages circulantes.