Sequençage du genome entier et diversite genetique de populations sauvages et domestiques de pintade

La pintade, Numida meleagris, est une espèce appartenant à l'ordre des Galliformes. Son aire de répartition recouvre une grande partie de l’Afrique sub-saharienne, du Sénégal à l’Érythrée et du Tchad à l’Afrique du Sud. Elle a probablement été domestiquée dans le Nord de cette zone, il y a environ 2 \PDF\2019JRA ans. La pintade domestique a ensuite été largement répandue dans le monde méditerranéen, puis à partir du XVIème siècle, dans le monde entier. Aujourd’hui elle est toujours élevée, dans le cadre d’une aviculture villageoise en Afrique et de façon plus formalisée dans d’autres régions du monde, principalement en France. Jusqu’à récemment, le manque de marqueurs moléculaires a fortement limité les études génétiques concernant la pintade. Pour initier de telles études, nous avons produit la première séquence entière du génome de la pintade. Nous l'avons utilisé comme référence pour une étude par une approche Pool-seq de 12 populations sauvages et domestiques d'Europe et d'Afrique. La domestication a entrainé une perte de diversité génétique. Le statut sauvage ou domestique sépare mieux les populations africaines que leur localisation géographique. Plusieurs régions génomiques montrant des signatures de sélection, liées à la domestication, à l'importation en Europe ou aux programmes de sélection plus intensifs en Europe, ont été détectées. Elles incluent des gènes candidats intéressants, dont EDNRB2 qui est connu pour induire des phénotypes de dilution ou de taches blanches chez les oiseaux.