Sélection par spectroscopie infrarouge de souches d’E. coli O78 pour la production d’autovaccins chez le canard de Barbarie SELECTION BY INFRARED SPECTROSCOPY OF E. COLI O78 STRAINS FOR THE PRODUCTION OF AUTOVACCINES IN MUSCOVY DUCKS

Les APEC (Avian Pathogenic Escherichia coli) sont responsables de la colibacillose qui est l’une des infections bactériennes les plus fréquentes en filière canard de Barbarie à l’origine des pertes économiques sévères. Le recours à l’antibiothérapie est presque systématique pour les formes aigues, cependant elle ne réussit pas toujours à rétablir les performances de l’élevage. Pour prévenir la colibacillose et réduire le recours aux antibactériens les vétérinaires peuvent prescrire les autovaccins. L’objectif de ce travail a été de caractériser des souches d’E. coli du sérogroupe O78 isolées de cas cliniques pour définir la composition antigénique de l’autovaccin. Cette caractérisation des isolats a été réalisée par une méthode innovante, la spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (FT-IR), en ciblant les polysaccharides qui sont le support de la classification sérologique somatique. L’étude a concerné un élevage breton de canard de Barbarie d’une capacité de 33 000 canards par bande répartis sur deux bâtiments. Dans cette exploitation, il avait été mis en place dans le passé un autovaccin trivalent différent mais contenant au moins une valence O78 dans chaque bâtiment. Malgré cette solution autovaccinale complexe, l’élevage a été confronté au cours de l’été 2023 à des épisodes de colibacillose qui ont nécessité deux traitements antibiotiques espacés de deux semaines sur le bâtiment 2 et un traitement antibiotique sur le bâtiment 1. Des souches d’E. coli exclusivement du sérogroupe O78 ont été mises en évidence lors de ces trois épisodes cliniques. Devant ce constat, il a été décidé de comparer les anciennes souches (isolées en 2017 et 2021) et les nouvelles souches par spectroscopie infrarouge. Le dendrogramme obtenu avec les six souches du sérogroupe O78 montre un pouvoir de discrimination de l’infrarouge avec un cluster regroupant deux souches de 2021 et une souche de 2023, un profil unique avec une souche de 2017 et un cluster pour les deux dernières souches de 2023. Les souches isolées en 2023 sont différentes selon le bâtiment : la souche du bâtiment 1 est différente des deux souches du bâtiment 2 qui sont rassemblées dans un autre cluster. En conclusion, les résultats du sous-typage par FT-IR au sein du sérogroupe O78 ont été le support pour le choix des souches à incorporer dans les autovaccins : les plus récentes, une pour chaque bâtiment, avec un autovaccin monovalent pour les nouvelles bandes de canards mises en place à l’automne 2023.