Résistance à la colistine chez la volaille française : impact positif des efforts de maîtrise

Durant la période 2007-2014 du programme national de surveillance de la résistance aux antibiotiques, la prévalence moyenne des Escherichia coli commensaux porteurs du gène mcr-1 était de 5,9% chez la dinde et 1,8% chez le poulet, indiquant que la résistance transmissible à la colistine avait déjà diffusé dans les élevages avant que son identification ne soit publiée en 2016. L’objet de notre étude était de faire une mise à jour des données phénotypiques et génotypiques de la résistance à la colistine chez la volaille, après la mise en place du dispositif Ecoantibio2 dont l’un des objectifs était d’atteindre en 5 ans, une diminution de 50% de l’exposition à la colistine en élevage (2014-2015 à 2020). Dans le cadre réglementaire de la surveillance européenne de la résistance aux antibiotiques, des E. coli ont été isolés dans les caeca de poulet et de dinde prélevés en abattoir. Leur sensibilité aux antibiotiques a été déterminée par micro-dilution en milieu liquide. Chez les isolats présentant une résistance phénotypique à la colistine, une PCR a été réalisée pour détecter les gènes mcr et un séquençage total a été effectué pour étudier leur diversité génétique. Des expériences de transformation ont été menées pour identifier le type de plasmide associé au gène mcr. Les données de vente et d’exposition aux polymyxines ont été collectées à partir du suivi annuel des ventes de médicaments et complétées par les informations du dispositif professionnel Refa²vi. En 2020 en France, la prévalence de la résistance à la colistine en volaille a diminué sans que ce soit significatif, pour atteindre 3% chez la dinde et 1% chez le poulet. Cette diminution est fortement corrélée avec la réduction de -68% de l’exposition à la colistine depuis 2014. Seul le gène mcr-1 a été détecté parmi les E. coli résistants à la colistine. Plus de 80% de ces isolats étaient multi-résistants. Parmi eux, 40 % de ceux originaires de la dinde et 44% de ceux originaires du poulet étaient résistants à la ciprofloxacine, antibiotique d’importance critique. La plupart des souches n’avaient pas de relation clonale. Le gène mcr était localisé sur différents types de plasmides, porteurs d’autres gènes de résistance. Ces résultats reflètent l’impact positif des différentes actions des plans de lutte contre l’antibiorésistance dans le domaine vétérinaire et montrent l’importance des programmes de surveillance.