Régions du génome associées à la résistance à la flavobactériose chez deux populations françaises de truite arc-en-ciel

La flavobactériose, causée parFlavobacterium psychrophilum, est une maladie majeure dans les élevages de truites arc-en-ciel, entraînant d'importantes pertes économiques. En l'absence de vaccin commercial efficace, l’antibiothérapie est le seul traitement disponible mais son usage récurrent augmente le risque d’un développement de résistance dans l’environnement aquatique. La sélection génétique offre une solution prometteuse pour atténuer le risque épidémique. Des régions génomiques (QTL) associées à la résistance à la flavobactériose ont été identifiées dans des études antérieures, et, grâce à une nouvelle puce de génotypage à haute densité de marqueurs, leur détection et leur cartographie peuvent désormais être plus précises. Objectifs : Une étude d’association pangénomique a été réalisée afin de localiser finement les QTL impliqués dans la résistance à la flavobactériose chez la truite arc-en-ciel. Méthodologie : Dans cette étude, des poissons issus de deux entreprises de sélection françaises ont été utilisés. Les œufs ont été transportés à l’unité d’Infectiologie Expérimentale des Rongeurs et des Poissons (IERP) à l’INRAE de Jouy-en-Josas où les poissons ont été élevés dans un environnement contrôlé (gestion sanitaire), jusqu’à l’épreuve infectieuse durant lequel 1200 poissons (~ 3g) de chaque population ont été exposés par balnéation à une souche deF. psychrophilum (FRGDSA 1882/11), appartenant à un des génotypes majoritaires en France. La mortalité a été suivie pendant 29 jours. Les poissons phénotypés ont été génotypés avec une puce de 57 000 marqueurs et leurs parents avec une puce de 665 000 marqueurs. Les génotypes des descendants phénotypés ont été imputés sur cette puce haute densité. Les QTL de résistance des poissons à la flavobactériose ont été identifiés par analyse bayésienne. Résultats : La survie à l’issue de l’épreuve infectieuse était de 49 % et 29 % et l'héritabilité de la résistance à la flavobactériose a été estimée à 0,58 et 0,39, respectivement pour la population A et la population B. Nous avons détecté 3 QTL situés sur les chromosomes 3, 17, 29 dans la population A tandis que 10 QTL ont été identifiés dans la population B sur les chromosomes 1, 4, 11, 14, 16 et 24. Des gènes candidats associés à l’immunité ont pu être identifiés ouvrant la voie vers une meilleure compréhension des mécanismes de résistance. Conclusions : L’héritabilité de la résistance à la flavobactériose est suffisamment élevée dans les populations étudiées pour envisager une sélection efficace. Bien que la résistance implique une combinaison de plusieurs gènes, nous avons pu identifier quelques QTL majeurs qui pourraient être proposés aux multiplicateurs et grossisseurs pour produire des œufs et alevins génétiquement plus résistants à la flavobactériose.