Projet PhenomiR : phénotypage non invasif à l’aide de micro-ARNs circulants chez la truite arc-en-ciel

Le développement d’outils de phénotypage fin non invasif est un enjeu majeur pour la filière aquacole notamment pour détecter précocement des pathologies ou pour phénotyper des caractères complexes à évaluer de façon quantitative en routine, voire détecter précocement et de façon non invasive des phénotypes d’intérêt. Ainsi, la recherche de biomarqueurs fiables, sensibles et peu invasifs est un enjeu de premier ordre pour l’aquaculture. Grâce à leur stabilité et leur accessibilité, les microARNs (miARNs) (acides nucléiques de petites tailles, 18-25 bases, intervenant dans la régulation de l’expression des gènes) circulants représentent une nouvelle famille de biomarqueurs à très fort potentiel pour l’aquaculture. Nombres d’études récentes chez l’homme suggèrent un fort potentiel de diagnostic et/ou pronostic de ces molécules qui constituent une nouvelle catégorie de biomarqueurs en médecine humaine. L’objectif du projet PhenomiR était de proposer une solution innovante de phénotypage non invasif pour la truite arc en ciel par analyse des miARNs circulants présents dans le plasma ou dans d’autres fluides biologiques tels que le fluide cœlomique, le fluide séminal ou le mucus. Ainsi l’utilisation des miARNs circulants comme outil de phénotypage a été évalué pour des caractères majeurs tels que le statut nutritionnel, le sexe, la maturation sexuelle, la qualité de la chair, le stress et le bien-être des animaux, l’infection virale (SHV) ou bactérienne (NPI). Tout d’abord, un séquençage des miARNs dans différents fluides biologiques provenant de différentes conditions physio-pathologiques a été réalisé. Ensuite une analyse bio-informatique a permis de mettre en évidence certains miARNs présents à des concentrations variables en fonction de ces différentes conditions physio-pathologiques de l’animal. Parmi les nombreux résultats, nous pouvons donner quelques exemples. Nous avons ainsi démontré que certains miARNs circulants plasmatiques étaient signe d’infections bactérienne ou virale, ce qui prouve l’intérêt des miARNs comme biomarqueurs des pathologies piscicoles. De plus, un miARN, le miR-202-5p, permettrait de détecter voire de prédire l’ovulation ainsi que la qualité des œufs des poissons. Aussi, la présence dans le sang de certains miARNs, miR-1-3p, miR-133-3p et miR-206-3p, spécifiques du muscle, connus chez de nombreux animaux pour être impliqués dans des phases de croissance musculaire active ont été retrouvés surabondants en situation de forte croissance des poissons ; ces miARNs permettraient donc de caractériser la croissance musculaire de l’animal. Enfin, les miARNs circulants ressortent également comme biomarqueurs d’intérêt dans les études de stress et de bien-être des truites. Par exemple, miR-210-3p, sur-exprimé dans le mucus en condition hypoxique, est connu chez l’homme comme puissant biomarqueur du stress hypoxique. Ainsi, ce projet prouve l’intérêt des miARNs circulants comme outil de phénotypage dans de nombreuses situations physio-pathologiques apportant ainsi de nombreuses perspectives pour la filière piscicole.