Premières bases pour une sélection contre le développement du muscle rouge chez la truite arc-en-ciel

La production de truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) s’oriente de plus en plus vers des poissons de grande taille destinés à la fumaison. Le muscle rouge, facilement repérable par sa couleur brune, engendre des défauts de flaveur. Certains cahiers des charges imposent aux transformateurs d’éliminer ce muscle, entrainant une perte directe en matière première. Objectifs Un des objectifs du projet RedOUT est de quantifier la composante génétique associée au développement du muscle rouge, à travers l’estimation des paramètres génétiques et corrélations avec les caractères de découpe, avant d’envisager l’intégration de ce caractère dans les programmes de sélection. Méthodologie Une cohorte expérimentale a été produite par le croisement de mâles et femelles de 2 lignées commerciales de truite arc-en-ciel. A 18 mois, 1436 poissons ont été phénotypés, une darne et la partie caudale de chaque individu ont été congelées et un prélèvement ADN a été réalisé pour génotypage. Le pourcentage de gras sous-cutané a été mesuré par le passage de la darne en IRM. Une fine tranche de la partie caudale prélevéea posteriori a été prise en photo pour quantifier le muscle rouge (MR) par vision numérique et intelligence artificielle avec un réseau de neurones selon le protocole mis au point au cours du projet RedOUT. Après contrôle de qualité des phénotypes, génotypes et reconstitution du pédigrée par assignation de parenté, les données de 1415 individus ont finalement été retenues pour les analyses. Un modèle animal utilisant une matrice de ressemblance génomique a été utilisé pour estimer les paramètres génétiques relatifs à la surface et la proportion de MR. Résultats La proportion de MR rapportée à la surface de la darne est en moyenne de 8,5% sur le jeu de données de l’étude. Les héritabilités des caractères de surface de MR sont modérées : 0,24 pour la surface et 0,32 pour la proportion. La corrélation génétique entre les deux caractères est positive mais modérée (0,52). La proportion de MR est génétiquement indépendante des autres caractères de découpe, que ce soit avec le poids total (0,09), le rendement carcasse (0,09), le rendement carcasse éviscéré étêté (0,08) ou le pourcentage de gras sous-cutané (0,09). Conclusion Ce travail inédit a permis d’estimer pour la première fois la composante génétique associée à la quantité de muscle rouge chez la truite arc-en-ciel. La proportion de muscle rouge est un caractère héritable, et indépendant des principaux caractères de rendement à la découpe. La diminution du muscle rouge dans les cheptels commerciaux par son intégration dans un programme de sélection génétique est donc envisageable. Financement : FEAMP (Fonds Européen pour les Affaires Maritimes et la Pêche) – Projet RedOUT n° PFEA470019FA1000007