Prélever l’air à la place des écouvillonnages pour détecter le virus de l’influenza aviaire chez le canard mulard

Cette étude évalue la détection et la quantification du virus de l’influenza aviaire (VIA) dans des bioaéerosols en animalerie confinée. Le but était d’évaluer un nouveau collecteur (Biodosi ND, codé BDS, CEA Tech) par rapport à un collecteur témoin (Coriolis ND, codé COR, Bertin Technologies). Des canards mulards ont été infectés expérimentalement par la souche de VIA A/decoy duck/France/161105a/2016 (H5N8) hautement pathogène, avec 4,6x106 DIE50 (titre viral) dans 100µL d’inoculum par animal. L’excrétion virale a été suivie sur écouvillonnage individuel oropharyngé et cloacal : à J-3 (J0 = inoculation) puis à J1, J2, J3, J4, J7, J11 et J14. Aux mêmes dates, des échantillons d’air ont été prélevés par le COR (cyclonique, peu maniable) et par le BDS (portatif, autonome, basé sur la précipitation électrostatique). Pour BDS, deux protocoles ont été utilisés avec une mesure dans l’air ambiant de l’animalerie et une mesure dans la zone de respiration de deux canards placés spécifiquement dans une caisse contenant l’échantillonneur. Le temps de prélèvement variait de 10 à 60 min, selon le protocole et le jour de prélèvement, un prélèvement plus long étant réalisé à partir de J7 pour anticiper la diminution de l’excrétion virale. Les prélèvements ont été analysés par RT-PCR temps réel et la viabilité du virus vérifiée sur œufs embryonnés de poules EOPS. A partir des écouvillons, il y avait 100 % d’animaux excréteurs de J1 à J9, 70 % à J11 et 30 % à J14. Pendant la période de forte excrétion (J2 à J4), pour COR et BDS, tous les échantillons d’air étaient positifs, quantifiables et la viabilité du virus a été démontrée. De J7 à J14, bien que les écouvillons soient toujours positifs, les échantillons d’air étaient souvent négatifs, le seuil de détection n’étant pas toujours atteint malgré une augmentation du temps de prélèvement. Pour le virus testé, l’échantillonnage de l’air pourrait ainsi être un moyen prometteur, non invasif et plus respectueux du bien-être pour la surveillance de l’excrétion virale. Cependant, il semble moins sensible que le prélèvement par écouvillonnage.