Outils de génomique pour la surveillance « en temps réel » des viroses aviaires émergentes et réémergentes

Afin d’ouvrir la voie du diagnostic de proximité depuis la prise en charge de l’échantillon jusqu’à la caractérisation génétique des agents pathogènes impliqués et leur analyse phylogénétique, des protocoles de métagénomique permettant le séquençage de génomes entiers d’avipoxvirus ou d'aviadénovirus ont déjà été développé. Ceux-ci faisaient appel à l’utilisation du séquençage de troisième génération Oxford Nanopore. Dans le but d'adapter ces méthodes à d’autres virus aviaires (coronavirus aviaires, virus de l’influenza aviaire), nous avons développé un protocole combinant la PCR multiplex et le séquençage Oxford Nanopore, à l’aide du séquenceur Mk1C, pour une détection couplée à un typage rapide des virus impliqués dans un épisode clinique. La méthode proposée est basée sur une approche intégrée « du terrain à la bioinformatique ». Une variété d'échantillons biologiques, y compris des écouvillons trachéaux, des tissus, ou des poussières, a été testée, ce qui a permis de proposer une première version de cette méthode innovante de surveillance. Grace au séquençage nanopore des produits de PCR ciblant le génome des virus influenza aviaires, des génomes complets ont été obtenus en moins de 48 heures et sans avoir à réaliser de culture virale. Aussi, des génomes complets de coronavirus de la bronchite infectieuse aviaire issus d’écouvillons prélevés lors d’épisodes cliniques ont été obtenus par métagénomique. L’analyse bioinformatique de ce travail a été réalisée avec les outils Minimap2 pour les alignements, iVar pour la production de séquences consensus et NanoSPC pour la métagénomique.Les résultats obtenus suggèrent des temps d’analyses très courts pour l’obtention de génomes complets directement à partir d’échantillons primaires de terrain. L’application de telles méthodes pour la surveillance de viroses aviaires pourrait permettre un suivi en « temps réel » des épizooties.