Mise au point d’un pipeline d’analyse des marques d’histones

Les poulets de chair sélectionnés pour leur croissance rapide sont sensibles aux variations de température. L’application d’un traitement de thermo-manipulation à la chaleur (TM) pendant l’embryogenèse permet d’accroître la tolérance à la chaleur du poulet à l’âge d’abattage (J35). Nous cherchons à montrer si les changements d’expression induits par le traitement précédemment montrés pourraient être expliqués par des reprogrammations épigénétiques mises en place pendant l’incubation et persistant au cours du développement. Pour cela, nous nous sommes intéressés à deux modifications post-traductionnelles des histones : la triméthylation des lysines 4 et 27 de l’histone 3 (H3K4me3 et H3K27me3). La distribution de ces deux marques à partir d’échantillons d’hypothalamus et de muscle à J35 chez des individus contrôles et TM a été obtenue par immunoprécipitation de la chromatine suivi d’un séquençage systématique (ChIP-seq). Afin d’analyser les données de séquençage, nous avons développé une chaîne de traitements bioinformatiques intégrant la spécificité de chacune de ces marques. Suite à l’analyse biostatistique, les pics différentiels ont été associés aux gènes co-localisés. L’étude de ces marques a révélé un impact de la TM sur l’épigénome principalement dans l’hypothalamus, suggérant l’existence d’un impact épigénétique du traitement embryonnaire persistant jusqu’à 35 jours d’âge.