Mise au point d’un panel d’assignation de parente snp unique pour deux espèces de canards et leur hybride

En espèces avicoles, l’assignation de parenté représente une alternative au suivi du pedigree réalisé via la cage individuelle et l’insémination avec la semence d’un mâle identifié. Compte-tenu des effectifs d’animaux par génération et de la valeur de chaque individu, un enjeu majeur est le coût du panel d’assignation, conditionné par le nombre de marqueurs. Un défi supplémentaire existe chez le canard, où deux espèces sont croisées pour obtenir un hybride : l’assignation du mulard nécessite des marqueurs fonctionnant chez le mulard, ainsi que chez le canard commun et le canard de Barbarie. L’objectif est le développement d’un panel d’assignation de parenté de 96 marqueurs SNP pour l’assignation de canetons Pékin, Barbarie et mulards obtenus sans recours à la cage. Compte-tenu des effectifs importants éclos par génération, il est important que le panel soit de la plus petite taille possible afin de minimiser son coût d’utilisation. A partir de la puce bi-espèce canard 670K SNP, 192 marqueurs ont été présélectionnés. Les critères de choix ont porté sur la faisabilité d’un changement de technologie, et sur la qualité et le polymorphisme des marqueurs. Les 192 marqueurs retenus ont été génotypés sur les parents des animaux des lignées expérimentales à assigner, ainsi que sur des animaux ayant des liens de filiation connus, pour un total de 334 échantillons. Les marqueurs présentant un taux de génotypage supérieur à 95% et aucune incompatibilité mendélienne ont été conservés, puis un tri a été effectué sur la fréquence allélique, et le déséquilibre de liaison. Une liste de 96 marqueurs a été proposée à l’issue de ces filtres. Les taux d’assignation élevés obtenus avec ces 96 marqueurs (autour de 98%) ont permis de valider la qualité du panel. Les 192 marqueurs utilisés étant issus d’une puce développée sur plusieurs lignées commerciales aux orientations diverses, il devrait être possible de proposer des listes de 96 marqueurs opérationnelles pour d’autres lignées.