Méthodes de gestion des populations à faibles effectifs

Qu’il s’agisse de lignées commerciales, expérimentales ou de races locales, les populations à faibles effectifs doivent concilier la recherche d’un progrès génétique (ou au moins du maintien des caractéristiques à un niveau acceptable) et la préservation de la variabilité. L’obtention d’un progrès immédiat sans hypothéquer les gains futurs est le propre de chaque démarche de sélection, mais est ici plus délicate et requiert des méthodes adaptées. Par simulation nous comparons différentes méthodes de choix des reproducteurs et de construction des plans d’accouplement, pour une population composée de 15 pères, chacun accouplé à 3 femelles, chaque couple produisant en moyenne 3 descendants de chaque sexe. Les générations sont successives et répétées jusqu’à 30 cycles de sélection. La méthode de référence pour les choix de reproducteurs consiste à trier les candidats intra famille, après une troncature arbitraire sur l’index secondaire visant à limiter sa dégradation. Elle permet d’assurer un compromis honorable entre le gain sur l’objectif de sélection et la pente d’augmentation de la consanguinité. Les méthodes optimisées, s’appuyant sur l’algorithme du recuit simulé et agissant sur le mode de sélection pour minimiser l’apparentement moyen et/ou sur la constitution des plans d’accouplements pour minimiser la consanguinité attendue, permettent d’améliorer les indicateurs du gain génétique et ceux de la variabilité sur le moyen et le long terme, en particulier quand l’objectif de sélection fait intervenir des caractères négativement corrélés entre eux (l’évolution nulle du second caractère est alors explicite). L’optimisation des plans d’accouplement, sans modifier significativement le taux d’accroissement de la consanguinité, se traduit principalement par un retard, visible sur les graphes, dans le point d’apparition de la consanguinité. Par ailleurs, interdire l’accouplement d’un mâle à des femelles apparentées entre elles ne réduit pas significativement ce taux, même s’il contribue probablement à atténuer les conséquences des accidents d’élevage (par exemple mort ou infertilité d’un mâle). La modélisation suggère que les informations données par le pedigree ne permettent de stabiliser les indicateurs qu’en cumulant au moins 10 générations.