Liens entre efficacité digestive et composition du microbiote chez le poulet de chair

Un croisement de deuxième génération entre deux lignées divergentes de poulets de chair sélectionnés sur leur efficacité digestive a permis l’étude des relations entre composition du microbiote caecal et efficacité digestive. La composition du microbiote caecal (quantité de Lactobacillus, L. salivarius, L. crispatus, C. coccoides, C. leptum et E. coli par gramme de contenu caecal) a été déterminée sur 144 animaux présentant une efficacité alimentaire et digestive faible (IC = 2.02, EMAn = 2936 kcal/kg MS) ou forte (IC = 1.41, EMAn = 3444 kcal/kg MS) à 3 semaines. Au niveau phénotypique, une régression linéaire multiple a été réalisée afin de déterminer quelle part de la variabilité de l’efficacité digestive était due à la composition du microbiote. Au niveau génétique, nous avons estimé l’héritabilité de la composition du microbiote et détecté les zones du génome du poulet contrôlant la composition du microbiote (QTL) à partir de 3379 marqueurs SNP. Les animaux peu efficaces présentent 1.66 fois plus de plus de Lactobacillus, 2.88 fois plus de L. salivarius et 2.56 fois plus d’E. coli que les animaux efficaces. Des régressions linéaires multiples montrent que la composition du microbiote explique 19 à 22% de la variabilité de l’efficacité digestive. Nous avons également déterminé qu’il existait chez le poulet un contrôle génétique partiel de la composition du microbiote. En effet, les ratios entre L. crispatus, C. leptum ou C. coccoides et E. coli présentent une héritabilité significative (0.16-0.24). Par ailleurs, nous avons également détecté 14 QTL contrôlant la composition du microbiote, impliquant essentiellement C. leptum et Lactobacillus. Ces zones QTL co-localisent avec des QTL de consommation et de comportement alimentaire (durée des repas), d’anatomie du tube digestif (poids et longueur de l’iléon) et de l’immunité.