Le projet mille genomes gallus : comment partager les donnees de sequences pour mieux les utiliser

Le séquençage du génome entier est maintenant utilisé dans de nombreux projets de recherche sur le poulet. Le projet Mille Génomes Gallus s’inspire du projet Mille Génomes Bovins et a pour objectif de rassembler les séquences du génome entier d’animaux du genre Gallus, produites par les équipes de recherche et les entreprises de sélection. L’intérêt est d’augmenter la puissance des analyses en augmentant le nombre de génomes comparés. Les applications concernent l’analyse de la structure du génome, la caractérisation globale de la diversité de l’espèce, l’identification de mutations causales et l’aide à la sélection génomique. Cette synthèse décrit d’abord le contexte de la génomique du poulet avant de développer le concept du projet Mille Génomes, de l’illustrer avec un projet pilote utilisant les données produites par des équipes françaises et de discuter les modalités de son extension. Le projet pilote français regroupe 207 séquences individuelles issues de 8 projets de recherches financés par des fonds publics, sur une large gamme de populations (poulets de chair, poules pondeuses, races locales, ancêtres sauvages). Les jeux de données sont décrits par des métadonnées techniques et des métadonnées liées à l’animal et sa population d’origine. Aucune information phénotypique n’est partagée. L’équipe SIGENAE a aligné l’ensemble des séquences sur la version 5 du génome de référence et a répertorié plus 40 millions de variants SNP. L’analyse de structure des populations regroupe les 207 individus en sept groupes génétiques. L’étude des SNP du gène MC1R montre une signature de sélection chez les pondeuses de plumage rouge. D’autres analyses sont prévues, notamment pour les variants structuraux. Les projets en cours en Europe et les contacts pris avec des équipes étrangères laissent penser que la cible de Mille Génomes peut être atteinte rapidement. Les principes d’un futur accord de consortium sont exposés.