La filière piscicole en France et l’antibiorésistance – bilan de 10 années de recherche

La dissémination de l’antibioresistance est une préoccupation majeure aussi bien pour la santé humaine que pour la santé animale. L’environnement aquatique, et tout particulièrement les eaux douces, est le réceptacle des rejets des activités humaines avec ou sans traitement préalable. Il constitue dès lors une zone de mélange entre bactéries d’origine anthropique et bactéries autochtones et joue un rôle clé dans la dissémination de l’antibioresistance. La filière piscicole, très dépendante de l’environnement aquatique, est particulièrement exposée. Mais les outils adaptés à la surveillance de l’antibioresistance manquent, pas de protocole d’échantillonnage, pas de méthode standardisée d’analyse de laboratoire. Objectif Depuis 10 ans, Les équipes du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, en collaboration avec les professionnels de la filière (CIPA, ITAVI, éleveurs, vétérinaires, laboratoires d’analyses), ont co-construit des projets de recherche afin de combler les vides méthodologiques et de produire des données en intégrant les spécificités de la filière. Les principaux résultats de ces projets seront présentés ainsi que la méthodologie et les objectifs du projet en cours, le projet Réapol (2022-2025, Eco-Antibio 2022) visant à étudier la sensibilité aux antibiotiques de la flore commensale et pathogène du poisson d’élevage, toutes espèces confondues, en France. Méthodologie Deux types de projets ont été initiés, visant (i) à améliorer les outils de détermination de la sensibilité aux antibiotiques des bactéries aquatiques pathogènes et/ou indicatrices (ii) à la mise en place d’études sur le terrain pour définir la stratégie d’échantillonnage (types d’échantillon, fréquence, localisation…). Tous ces projets s’inscrivent dans une démarche pluridisciplinaire et multi-échelles de type Une Seule Santé (One Health). Résultats D’un point de vue méthodologique, les projets nationaux et européens ont permis de proposer (i) des protocoles adaptés pour la réalisation des antibiogrammes et la détermination des concentrations minimales inhibitrices (conditions d’incubation notamment) (ii) des critères épidémiologiques d’interprétation des résultats de sensibilité aux antibiotiques pour trois genres d’intérêts en aquaculture :Aeromonas,Vibrio etYersinia. Sur le terrain, les projets ont permis la mise au point de protocoles d’échantillonnage, leur amélioration et leur applicationin situ dans les différents compartiments d’intérêt : biofilm, eau, sédiment et poissons. Conclusions Des outils analytiques et une démarche inclusive (prise en compte de l’élevage dans son environnement) de suivi de l’antibioresistance adaptés à la filière piscicole sont désormais à disposition. Ils permettent d’envisager des études à l’échelle nationale dont Réapol en est le 1er exemple.