L’épigénétique à l’interface entre l’environnement et l’ADN : quelle importance pour les pratiques d’élevage et les méthodes de sélection ?

L'épigénétique est communément définie comme l'ensemble des mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de l’expression des gènes, mécanismes qui sont réversibles et transmissibles au cours du développement, et parfois au-delà, sans modification de la séquence de l'ADN. Plusieurs marques épigénétiques sont aujourd’hui bien documentées, comme la méthylation de l'ADN, les modifications des histones ou les ARN non codants. Grâce au développement technologique du séquençage à "haut débit", ces marques épigénétiques peuvent maintenant être identifiées à l'échelle du génome entier. L'ensemble des modifications épigénétiques constitue l'épigénome. Il est très sensible aux fluctuations environnementales, comme des changements thermiques ou nutritionnels, et se situe à l'interface entre gènes et environnement. Des stratégies de programmation précoce des phénotypes reposant sur ces mécanismes épigénétiques pourraient donc être utilisées comme levier pour ajuster le phénotype des individus à leurs conditions de vie. Au cours des dernières décennies, la sélection génétique a contribué à une amélioration considérable des performances des animaux. Mais bien que la composante génétique de la variabilité phénotypique puisse être estimée avec précision, une grande partie de cette variabilité n'est pas directement accessible par les approches actuelles. Dans un contexte de diversification des environnements de production (changement climatique, modes de production plus respectueux du bien-être animal et de l'environnement...), il est nécessaire de comprendre l'impact de l'environnement sur la variation phénotypique via les marques épigénétiques, pour optimiser les systèmes d'élevage et mieux prédire le phénotype d'un animal. Comme ce fut le cas des polymorphismes d’ADN pour la sélection génomique il y a quelques années, la prise en compte des données épigénétiques pourrait aussi contribuer à des systèmes de production plus efficaces et plus durables en aviculture.