L'effet de la complémentation alimentaire sur le résistome aux antibiotiques en poules pondeuses

Le microbiome de la volaille étant un réservoir potentiel de gènes de résistance aux antibiotiques (ARG), cette étude a analysé des échantillons cécaux commerciaux de poules pondeuses afin de déterminer l'impact d'un produit de santé intestinale (Alltech Layer Pack; ALP) sur le résistome antibiotique en utilisant une approche métagénomique. Les poules pondeuses ont été séparées en 2 poulaillers et nourries de la semaine 16 à la semaine 77 avec une ration témoin ou une ration témoin complété par l'ALP (1 kg/ to d’aliment). Le séquençage métagénomique a été effectué à l'âge de 77 semaines à l'aide de la technologie Illumina sur le contenu cécal de 12 poules pondeuses sélectionnées aléatoirement par groupe de traitement. Le logiciel Resistance Gene Identifier (RGI) a été utilisé pour aligner les informations Unigenes avec la base de données complète sur la résistance aux antibiotiques (CARD). Au total, 469 gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) ont été détectés et l’analyse de la similitude entre les poules pondeuses témoins et celles supplémentées en ALP a montré qu’il y avait des différences significatives dans la composition des ARG entre les groupes (r = 0,928, P = 0,001). L’abondance relative totale des ARG dans le groupe témoin (0,0712%) était significativement plus élevée que dans le groupe supplémenté en ALP (0,0539%). Les ARG de cette étude ont été classés en 10 catégories primaire en se basant sur la base de données CARD et en fonction de leur mécanisme de résistance. Sur les 469 ARG détectés, 41 étaient significativement différents entre les poules témoins et celles supplémentées en ALP (p<0,05, q<0,05). 2 ARG étaient supérieurs et les 39 gènes restants plus bas dans les échantillons supplémentés en ALP. Ces résultats suggèrent que les stratégies de complémentation alimentaire peuvent avoir un rôle important à jouer dans la modulation et potentiellement la réduction de la résistance intestinale aux antibiotiques.