Isolement et caractérisation de phages ciblant Flavobacterium psychrophilum, bactérie pathogène des truites d’élevage.

Les pratiques d'élevage intensif exposent la filière truiticole française à divers défis sanitaires parmi lesquels le plus problématique à ce jour est l'émergence de la bactérie Flavobacterium psychrophilum, l'agent causal de la maladie du syndrome des alevins de truite arc-en-ciel (Rainbow Trout Fry Syndrom, RTFS). En parallèle aux mesures prophylactiques visant à limiter la propagation de l’agent pathogène, l’utilisation intensive de traitements curatifs antibiotiques entraîne l'émergence de souches antibiorésistantes devenant préoccupante à la fois pour la filière piscicole et pour la santé humaine. La phagothérapie est une approche alternative prometteuse à l’antibiothérapie. Dans ce contexte, nous avons initié une campagne de prélèvement d’échantillons piscicoles (eau ; organes de poissons infectés) afin d’isoler des particules virales lytiques pour F. psychrophilum. L’analyse des échantillons biologiques a permis l’isolement de 20 souches virales. Trois souches lytiques ont été retenues pour leur plus grand potentiel de virulence in vitro. La caractérisation morphologique par microscopie électronique de ces bactériophages indique leur appartenance à la famille des Siphoviridae. Le séquençage complet de leur génome révèle (i) la proximité de deux flavophages avec un phage précédemment identifié (le phage 6H ; Castillo et al., 2014) et (ii) l’isolement d’un 3e flavophage original. En parallèle, nous avons testé la capacité lytique en coculture de ces trois souches, seules ou en combinaisons. Les résultats obtenus ont permis de définir, in vitro, une formulation du cocktail phagique la plus efficace pour limiter le développement de F. psychrophilum. Ces premiers résultats prometteurs incitent à poursuivre l’exploration de la diversité virale régionale pour enrichir notre phagothèque afin (i) d’explorer la diversité génétique des flavophages et dans une perspective de développement, (ii) d’optimiser l’efficacité lytique des cocktails phagiques susceptibles d’entrer dans la formulation d’un cocktail phagique capable de limiter sensiblement la multiplication de F. psychrophilum.