Intérêt de l’utilisation de l’imputation pour l’évaluation génomique en poule pondeuse

La disponibilité en 2013 d’une puce à SNP commerciale haute densité (600 \PDF\2019JRA marqueurs) pour l’espèce poule a permis la mise en place de la sélection génomique dans les filières ponte et chair. Toutefois, le coût de cette puce reste élevé pour génotyper en routine l’ensemble des candidats à la sélection. L’un des enjeux est le développement de puces SNP basse densité (BD) de moindre coût. L’objectif est d’imputer l’ensemble des génotypes manquants pour revenir à une information 600K SNP avant de réaliser l’évaluation génomique. Toutefois, l’impact de l’utilisation directe des génotypages BD sur la précision des évaluations génomiques a été peu décrit. L’objectif est donc de juger de l’intérêt de l’imputation des génotypages BD pour l’évaluation génomique dans une lignée de poule pondeuse. Les puces BD ont été construites selon une méthodologie équidistante. Les évaluations génomiques ont été réalisées sur le poids d’œuf et sur la force de fracture, avec une méthodologie ssGBLUP. L’impact des erreurs d’imputation, ou de l’absence d’imputation, sur le classement des candidats à la sélection lors d’une évaluation génomique sur ascendance a été évalué. Pour cela, les valeurs génomiques obtenues (GEBV), avec les génotypages imputés ou non depuis la puce BD, ont été comparées aux GEBV obtenues avec la puce haute densité (HD). La précision des GEBV a également été étudiée en prenant en référence les GEBV estimées sur descendance. Le classement des candidats à la sélection avec les génotypages BD imputés est plus corrélé avec celui basé sur les génotypages HD que sans imputation. Toutefois, les corrélations sont toutes supérieures à 0.95 pour une densité supérieure à 5K SNP. L’impact de l’imputation sur le classement des individus est donc faible. Par ailleurs, la précision des GEBV estimées sur ascendance est équivalente entre les différentes stratégies (avec ou sans imputation) dans le cas du poids d’œuf pour une densité supérieure à 2K SNP, mais tend à se dégrader pour de très basses densités de SNP dans le cas de la force de fracture. L’utilisation de l’imputation est possible sans diminution significative de la précision des évaluations génomiques par ssGBLUP. L’absence d’imputation est également possible mais la dégradation observée sur la précision des GEBV semble dépendre des caractères.