Intégration de données « omic » et compréhension des mécanismes sous-jacents à la production de foie gras

Un programme de détection de QTL d’intérêts du canard mulard a conduit à l’identification de 80 QTL phénotypiques et de 176 pQTL d’abondances protéiques quantifiées dans le foie gras. Afin de donner sens à cette masse de résultats, nous avons en premier lieu testé l’existence de QTL pléiotropiques entre une abondance protéique et un phénotype lorsque ces 2 QTL étaient co-localisés sur le génome, à l’aide du logiciel CLIPtest : parmi les 66 co-localisations observées, nous avons conclu à la possible existence d’un QTL pléiotropique pour 16 cas et pour 21 cas à 2 QTLs distincts mais liés. La réalisation de graphiques d’inférence à l’aide du logiciel Gephi a permis de visualiser les résultats. Ainsi le taux de fonte du foie gras est régulé par un QTL pléiotropique qui impacte simultanément 2 spots distincts de l’alpha-énolase, ce qui met en évidence sur le chromosome 15 un locus impliqué dans la régulation de la voie glycolytique. Sur le chromosome 7, un QTL affectant conjointement le poids de la cuisse et l’apolipoprotéine A1 a été mis en évidence, confirmant le rôle central de cette protéine dans le transport et le stockage des lipides. Le QTL pléiotropique du chromosome Z associe la protéine GLUD1 et le taux de glucose sanguin après un repas de gavage, le gène GLUD1 modulant l’absorption hépatique du glucose par le foie via la production d’insuline. Aucun de ces 16 QTLs pléiotropiques ne met en œuvre un cis-QTL, confirmant la complexité des régulations métaboliques jouant sur un phénotype.