Intégration de caractères de résistance à 5 pathologies dans les schémas de sélection commerciale de truite, bar et daurade

Contexte et objectif La sélection génétique sur la résistance aux pathogènes pourrait constituer un levier de lutte contre les maladies. Jusqu’à présent, ce type de sélection n’était réalisé que chez le saumon dans des programmes de sélection organisés en familles initialement séparées. La structure et l’organisation des programmes de sélection français en familles initialement mélangées (effectifs par famille non-maîtrisables, variables, et souvent limités) et identifiées a posteriori par empreintes génétiques n’avait pas fait l’objet de travaux de recherche sur la faisabilité d’une sélection sur ces caractères. Ce travail rapporte la démarche suivie par le SYSAAF pour valider la faisabilité d’une sélection sur la résistance en familles mélangées grâce aux soutiens publics des projets de R&D RE-SIST (FUI) et FISHBOOST (UE). Au total, 11 cohortes provenant de 6 lignées commerciales (FMD, EMG-Ichtus, Aqualande, Les Aquaculteurs Bretons et Viviers de Sarrance) ont été testées pour 5 maladies chez la truite (flavobactériose, entérite), le bar (nodavirose, vibriose (V. harveyi)) et la daurade (photobactériose). Résultats et perspectives d’applications Toutes cohortes et maladies confondues, la survie (mort/vivant) est un caractère faiblement héritable (0,11±0,05 pour la nodavirose) à modérément héritable (0,42±0,04 pour la flavobactériose et l’entérite). La résistance à la nodavirose est génétiquement négativement corrélée avec la résistance à la vibriose (jusqu’à -0,72±0,49). En revanche, il n’y a aucune corrélation entre la résistance à l’entérite et à la flavobactériose. Les corrélations génétiques entre chaque caractère de résistance et les caractères de production classiques sont favorables et permettent de sélectionner à la fois pour une meilleure croissance et une meilleure résistance (soit du fait de corrélations nulles, soit du fait de corrélations positive avec le poids à taille commerciale). Seule exception : une cohorte de bar où la corrélation génétique entre la résistance à la nodavirose et le poids commercial est de -0,35±0,09 alors que cette même corrélation est positive dans une autre population (+0,42±0,16). Ces travaux ont démontré la faisabilité d’une sélection en familles mélangées assistée par empreintes génétiques. Le transfert de ce mode de sélection a nécessité le développement d’une plateforme de challenge infectieuse à but génétique en partenariat avec l’ANSES (Fortior genetics). Il a contribué à l’implémentation des indexations génétiques avec caractères discrets, ainsi qu’à l’investigation du déterminisme génomique de la résistance (GWAS, sélection génomique). A présent il conviendrait d’investiguer les interactions entre les génotypes et l’environnement où l’environnement pourrait être dans ce cas un poisson vacciné ou pas, ou un cocktail de bactérie versus une résistance à une souche particulière. Les auteurs remercient vivement l’ensemble des pisciculteurs-sélectionneurs ayant fourni les animaux et les données pour toutes ces études : Aqualande, Les Aquaculteurs Bretons, Viviers de Sarrance, EMG-Ichtus et FMD.