Implication des fonctions digestives et du microbiote dans l’établissement des différences de glycogène musculaire entre lignées divergentes pour le pH ultime

La qualité de la viande de poulet mais aussi la robustesse du jeune animal sont influencées par le niveau des réserves en glycogène musculaire. Afin d’étudier le rôle du métabolisme digestif dans l’établissement de ce phénotype musculaire, nous avons comparé deux lignées divergentes de poulet pour le pH ultime (pHu) du filet, proxy des réserves en glycogène. Les mâles âgés de 4 semaines ont une teneur en glycogène du filet deux fois plus importante dans la lignée pHu- (à faible valeur de pHu) que dans la lignée pHu+ (à forte valeur de pHu). L’augmentation des réserves en glycogène est associée à un développement supérieur du proventricule et du gésier, lieux de digestion mécanique et chimique des aliments, ainsi qu’à une meilleure digestibilité iléale de l’azote et du calcium. L’activité de la phosphatase alcaline, marqueur de santé digestive, est par contre similaire dans le jéjunum des deux lignées. Concernant le microbiote caecal étudié par séquençage de l’ARNr 16S, bien que sa diversité soit comparable, trois genres bactériens varient entre les lignées. Lachnospira, qui favorise la conversion de lactate et d’acétate en butyrate et propionate, est plus abondant chez les pHu- de même que UCG-010 lié à la dégradation du fructose et à l’équilibre immunitaire. De plus, Caprociproducens, producteur d’acides gras à chaîne moyenne, est plus abondant chez les pHu+. Ces légères différences pourraient jouer sur la fixation du carbone chez les procaryotes qui permet de transformer le carbone inorganique en matière organique et le cycle du citrate impactant l’oxydation des glucides et des acides gras, potentiellement sous-régulés dans la lignée pHu+. L’analyse par RNA-seq du jéjunum, site d’absorption des nutriments, a révélé 149 gènes différentiellement exprimés (DE) entre les lignées pHu. L’analyse fonctionnelle indique une moindre expression de gènes liés à l’immunité, la réponse hormonale et aux rythmes circadiens chez les animaux pHu+. D’autres voies liées à la migration et à la prolifération cellulaire, et plus généralement à la morphogenèse tissulaire, diffèrent également entre les lignées. Parmi les gènes DE, vingt d’entre eux co-localisent avec des QTL de pHu ou des régions sous sélection identifiées dans les lignées. C’est le cas du gène GHRL codant pour la ghréline, une hormone impliquée dans la régulation de l’appétit, et qui est trouvé en plus grande abondance dans la lignée pHu-.