Implantation du microbiote intestinal dans l’ileon et les ceca des canetons barbarie, pekin et mulard par sequençage miseq

Chez les êtres vivants, le microbiote intestinal joue un rôle essentiel et s’implante au cours de la croissance. Chez le canard, cette implantation est peu connue. Il a donc été étudié l'implantation du microbiote dans l'iléon et les caeca chez deux types génétiques parentaux Anas platyrhynchos (Pékin) et Cairina moschata (Barbarie) et leur hybride stérile, le canard mulard. Cette étude a été réalisée pendant les phases de démarrage, de croissance et finition. Les contenu digestifs de 5 canetons par type génétique ont été prélevé post-mortem les jours 2, 3, 5, 12, 15, 30, 36, 50 et 60. Les analyses ont été réalisées par séquençage Miseq sur le gène codant l'ARN 16S. Il a été démontré que les phyla Firmicutes, Proteobacteria et Bacteroidetes sont majoritaires dans l’iléon et les caeca chez le caneton en croissance. L’implantation du microbiote est séquentielle au niveau des deux segments intestinaux étudiés et évolue avec l’âge au niveau des phyla bactérien mais aussi en fonction de l’alimentation. De plus, un effet génétique a été observé dans l’implantation des Firmicutes, uniquement dans l’iléon.