Impact des probioactifs et d’un antibiotique sur le microbiote digestif du canard en engraissement

L’engraissement du canard est une période qui s’accompagne d’un changement de régime alimentaire avec très souvent des troubles digestifs, autrefois maitrisés par un traitement antibiotique ou à l’aide de cuivre. Désormais, les prébiotiques ou les probiotiques sont utilisés en alternative. L’objectif de l’étude est de mesurer l’impact sur le microbiote digestif d’un postbiotique, comportant des métabolites secrétés par des bactéries sélectionnées sur fermentation d’orge, suivant un process de fabrication déposé. Le lot de canards en engraissement a été séparé en 3 avec un lot A témoin négatif ne recevant aucune supplémentation, un lot B recevant le postbiotique sur 12 repas et le lot C recevant 9 repas d’amoxicilline dès le premier jour. Les traitements ont été administrés via la pâtée individuellement matin et soir avec un abattage à 10 jours. 7 canards ont été sacrifiés à l’arrivée, puis de chaque lot, au 9 ème et au 17 ème repas. Des prélèvements de contenu intestinal ont été réalisés au niveau du jabot, de l’iléon et des caeca ainsi qu’une autopsie digestive aux différents moments. Nous avons mesuré l’évolution du pH, qualifié et quantifié les différentes populations bactériennes dans les différentes parties de l’intestin par le séquençage de l’ARN 16S réalisé avec un séquenceur Miseq. Les données ont ensuite été analysées statistiquement avec le logiciel FROGS. Les postbiotiques augmentent la quantité de lactobacilles à T9 au niveau du jabot et de l’iléon par rapport au lot témoin et surtout par rapport au lot antibiotique. L’amoxicilline réduit la population de lactobacille et la diversité bactérienne et augmente les streptococaccées. Au niveau caecal, à T9, les lactobacilles sont pratiquement inexistants sur le lot antibiotique. A T17 après l’arrêt des antibiotiques et des postbiotiques, les lactobacilles redeviennent la population majoritaire dans les 3 lots. L’acide lactique produit par ces lactobacilles génère une baisse plus rapide du pH, confirmée au niveau du jabot et de l’iléon. Les lactobacilles sont des bactéries bénéfiques qui améliorent les fonctionnalités digestives et qui démontrent l’intérêt des postbiotiques en engraissement.