Impact de l’augmentation de la température des eaux sur les infections à novirhabdovirus, pathogènes majeurs des salmonidés

Le développement de l’aquaculture, secteur agricole connaissant la croissance mondiale la plus rapide, doit faire face à plusieurs challenges liés au réchauffement climatique, à la pollution environnementale et à l’émergence de pathogènes ; ces menaces impactant la santé et le bien -être des animaux de rente comme de la faune sauvage. Les projections de modélisation climatique indiquent que la température mondiale à la surface des continents et des eaux de surface (océans et rivières) pourrait augmenter de 0,4 à 2,6 ˚C d’ici 2050. L'exposition chronique à des températures d'eau augmentées constitue une contrainte physiologique/métabolique forte, susceptible d’altérer les réponses immunitaires des poissons et leur résilience aux maladies infectieuses. De plus, le stress climatique s’accompagne de l'émergence de souches virales naturellement thermoadaptées, qui représentent une menace sérieuse en cas d'épidémie. Objectifs : Ce travail, réalisé en co-tutelle INRAE-ANSES, vise à étudier les effets de l’élévation des températures et du stress thermique sur 1/ la santé des poissons et 2/ deux agents pathogènes des salmonidés, le virus de la septicémie hémorragique virale (VSHV) et le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (VNHI), virus présentant un large spectre d’hôtes et un potentiel évolutif élevé. Ce projet d’infectiologie repose sur une approche multi-échelle de l’in vitroàl’in vivo. Méthodologie : 12 souches de terrains représentatives de la diversité génétique des virus circulants au niveau mondial ont été sélectionnées. Elles seront caractérisées pour leur capacité à se répliquer à trois températures : 14°C (limite haute d’expression cliniquein vivo, 20°C et 24°C, sur cellules épithéliales de carpes (EPC :Epithelioma Papulosum Cyprini) et cellules de gonade de truite (RTG2 :Rainbow Trout Gonad). Ces modèles cellulaires présentent des températures optimales de croissance différentes. Dans une approche parallèle, ces souches virales seront progressivement adaptées de 14°C à 25°C en EPC par des incrémentations de 0,5 °C au cours de passages itératifs. L’adaptation des souches à ces augmentations de température sera évaluée à 18 et 20°C par observation des effets cytopathiques et de la cinétique de multiplication virale comparée à celle obtenue à la température initiale de 14°C. Le séquençage complet des génomes viraux des souches sauvages et des souches thermodapatées (à différentes étapes du processus d’adaptation thermique) permettra d’identifier et de cartographier les mutations liées à la thermorésistance. Résultats et conclusions: Les premiers résultats obtenus dans le cadre de ce projet doctoral seront présentés. Ils contribueront à améliorer les connaissances sur l’impact du réchauffement sur la physiologie cellulaire de la truite, à identifier des marqueurs de stress et à évaluer les capacités d’adaptation des novirhabdovirus - pour une meilleure anticipation de l’émergence d’épidémies.