Identification de variants génétiques améliorant les performances de production et de découpe chez la truite arc-en-ciel de grande taille par séquençage de génomes entiers

La truite arc-en-ciel est la principale espèce piscicole élevée et sélectionnée en France. La croissance et le rendement en filets sont des caractères importants à améliorer génétiquement pour produire les filets qui seront consommés frais ou fumés. A cette fin, différents caractères sont donc mesurés, tels que le poids de l’animal entier, le rendement en carcasse et en filets ou la teneur en lipides du filet. Certaines régions du génome associées à ces caractères (QTL) ont déjà été détectées, mais nous manquons encore d'informations précises sur les gènes impliqués dans la variation des performances. Objectifs L’objectif était d’affiner les estimations des paramètres génétiques des caractères de production et de transformation dans une lignée commerciale de truite arc-en-ciel et de préciser la localisation des QTLs et gènes candidats associés. Méthodologie Des poissons d'une lignée commerciale élevées sur le site Les Sources de l’Avance (Groupe Aqualande) ont été phénotypés sur trois générations pour des caractères de production : poids de l’animal entier, poids éviscéré, poids éviscéré étêtée (proxy de poids de filets), rendement carcasse, rendement viscères, rendement éviscéré étêté et gras intramusculaire. Parmi les 4432 poissons phénotypés, 3490 ont été génotypés sur une puce moyenne densité (57K SNPs). L’imputation des génotypes de ces individus sur plus d’un million de marqueurs (SNP) a été réalisée grâce aux données de séquençage du génome entier de 100 pères de la première génération. Ces génotypes imputés à haute densité ont ensuite servi à estimer les paramètres génétiques des caractères étudiés ainsi qu’à réaliser l’étude d’association entre les marqueurs et les performances. Les 96 SNPs les plus significatifs identifiés par cette première analyse ont été ensuite validés par génotypage d’une nouvelle génération de 1410 individus. Résultats Il se confirme que les caractères étudiés sont très polygéniques et leur héritabilité est moyenne à élevée (de 0,21 à 0,68). La proportion de la variance génétique expliquée par 150 à 500 SNPs varie de 75 à 95 % selon le caractère. Toutefois, 17 QTLs ont été identifiés avec de forts effets et 11 gènes candidats fonctionnels ont été répertoriés dans ces zones. Parmi ces QTLs, deux avaient été détectés précédemment dans la même population et leur localisation a été affinée. Parmi les 96 SNPs analysés en validation, 42 ont bien vu leurs effets confirmés dans la nouvelle génération d’individus phénotypés. Ainsi, un QTL parmi les cinq liés au poids entier de l’animal et cinq QTLs liés aux rendements en carcasse ou en filet ont été validés. Conclusion Ce travail a permis d’affiner et de découvrir de nouvelles zones du génome de la truite associées à des performances d’intérêt pour la production de grande truite pour la découpe et le fumage. Les marqueurs identifiés peuvent être introduits dans les panels de marqueurs utilisés dans l’indexation génétique de futurs candidats.