Identification de régions génomiques candidates pour le pH ultime de la viande cpar détection de signatures de sélection et de QTL

Le pH ultime (pHu) est un déterminant majeur des propriétés technologiques et sensorielles de la viande de poulet. Il semble également associé au développement de défauts musculaires tels que les striations blanches ou le Wooden Breast. Alors qu’une forte composante génétique de ce caractère a été mise en évidence, les gènes contrôlant le pHu restent inconnus. L’objectif de notre étude était de rechercher des régions génomiques candidates en exploitant un modèle unique de deux lignées divergentes sélectionnées pour le pH ultime du filet à partir d’une souche commerciale à croissance rapide. Deux approches complémentaires ont été mises en œuvre : la détection de signatures de sélection à chacune des 5 premières générations de sélection (G1 à G5) et la détection de QTL à la sixième génération (G6). Le génotypage grâce à la puce SNP Illumina 57K de 288 pères des générations G0 à G5 a conduit à l’identification de plus d’une centaine de signatures de sélection. Elles déterminent 63 régions candidates dont quelques-unes sont sélectionnées dès la première génération puis tout au long du processus de sélection. L’analyse GWAS de 558 animaux phénotypés et génotypés a mis en évidence 24 régions QTL pour le pHu du filet et 10 pour le pHu de la cuisse. L’ensemble de ces résultats va dans le sens d’un déterminisme polygénique du pH ultime de la viande tout en révélant le rôle important de plusieurs régions candidates.