Evaluation du mode d’action et de l’efficacite de differents composants alimentaires par sequençage a haut debit du transcriptome de poulet

Aujourd’hui, la tendance mondiale est à la réduction de l’usage des antibiotiques comme facteurs de croissance (AFC) en production animale. Il est donc important d’identifier des alternatives nutritionnelles efficaces, imitant le mode d’action des AFC afin de pouvoir les substituer. Des études récentes ont démontré que l'amélioration des performances des animaux nourris avec des AFC est notamment due à une inhibition des processus inflammatoires dans le tractus intestinal. La présente étude visait à étudier l’effet d’un AFC ou d’un phytogénique (additif alimentaire d'origine végétale) sur le transcriptome intestinal du poulet, en condition contrôle ou suite à l’induction d’une inflammation. Le transcriptome complet (soit ≈ 25\PDF\2019JRA gènes) a été étudié par RNA-Seq (séquençage d’ARN), et les données brutes traitées avec un pipeline bioinformatique adapté à la dernière version du génome du poulet (Galgal5). Dans une première expérience, nous avons pu confirmer que des poulets de chair nourris en continu pendant 35 jours avec un supplément en avilamycine (AFC) présentaient un profil transcriptomique diffèrent de celui des animaux non supplémentés, en particulier avec un effet dans l’intestin sur des voies immunologiques spécifiques telles que les signalisations cellulaires IL-22 et STAT3. Une seconde expérience a montré un mode d’action en commun entre le phytogénique et l’avilamycine. Dans cette même expérience, un modèle mimant une infection par différentes espèces d’Eimeria, responsable de la coccidiose aviaire, a permis de montrer que le phytogénique avait réduit l’effet inflammatoire mesuré sur le transcriptome dans le caecum (retour à la normale de l’expression de 259 gènes sur les 548 gènes initialement affectés par le modèle).