Evaluation de la contamination du fumier suite à un épisode de botulisme aviaire

Des épisodes de botulisme sont rapportés annuellement dans les élevages avicoles. La gestion des opérations de nettoyage-désinfection et des effluents reste délicate. C. botulinum est en effet une bactérie sporulante, capable de résister dans l’environnement pendant plusieurs années et pouvant donner lieu à des récidives. L’objectif de cette étude préliminaire est d’évaluer la contamination de fumier stocké suite à un épisode de botulisme et l’évolution de cette contamination dans le temps. Pour cela, 5 élevages ont été suivis : 2 élevages de dindes (type D et D/C), 2 élevages de poulets (type C/D) et un élevage de poules (type C/D). Pour chaque élevage, suite au stockage du fumier à l’extérieur, 2 visites ont été réalisées avec 1 à 2 mois d’intervalle. Lors de chaque visite, le tas de fumier a fait l’objet de 15 prélèvements avec 5 prélèvements (2 en surface et 3 en profondeur) réalisés dans 3 endroits différents. Des données épidémiologiques sur les épisodes de botulisme et la gestion du fumier ont également été collectées. Les prélèvements de fumier ont été enrichis en milieu TPGY pendant au moins 4 jours à 37°C en conditions anaérobies puis stockés à -18°C. L’ADN a ensuite été extrait via l’utilisation d’un kit commercial puis la présence des gènes codant pour les toxines botuliques a été détectée par PCR en temps réel. C. botulinum a été détecté dans les tas de fumiers des 5 élevages investigués lors d’au moins une des deux visites, que ce soit dans les prélèvements réalisés en surface (60,7%) ou en profondeur (46,9 %). Le nombre de prélèvements détectés positifs était plus élevé lors de la seconde visite (68 %) que lors de la première (42,2 %), indiquant une forte persistance de C. botulinum dans les fumiers au cours du temps. Cette étude préliminaire montre l’importance de la mise en place de mesures appropriées pour la gestion des fumiers qui constitue une source de re-contamination.