Etude de la résilience de l’holobionte suite à une rupture de transmission symbiotique dans 2 lignées de lapins sélectionnées sur l’efficacité alimentaire

Cette étude porte sur deux lignées sélectionnées chacune pour un critère d’efficacité alimentaire (croissance en alimentation restreinte pour la lignée AlimR ou consommation résiduelle en régime ad libitum pour la lignée ConsR) introduites dans un bâtiment par adoption des lapereaux nouveaux nés par des femelles EOPS. A la suite de cette rupture de transmission symbiotique, la collecte de fèces des animaux a permis d’étudier la composition du microbiote des deux lignées au cours de 7 générations (17 femelles par lignée et par génération).
 La proportion de Firmicutes était significativement plus élevée dans la lignée AlimR que dans la lignée ConsR (82.22% vs 78.21% respectivement, p < 0,0001). Réciproquement, la proportion de Bacteroidota était significativement plus élevée dans la lignée ConsR que dans la lignée AlimR (20.38% vs 16.50% respectivement, p < 0,0001). L’effet de la génération était également significatif pour l’abondance des Firmicutes et des Bacteroidota (p=0,0009 et p < 0,0001, respectivement). Les valeurs des indices d’alpha-diversité de la lignée AlimR étaient plus élevées que dans la lignée ConsR, (5,23 vs 5,14 respectivement pour ’indice de Shannon, p=0,02). L’effet de la génération était également significatif pour l’indice de Shannon (p=0,003). Enfin une analyse discriminante en composantes principales de la composition du microbiote a permis de distinguer d’une part les deux lignées, d’autre part les générations, notamment la 11eme génération de sélection correspondant aux animaux adoptés par des femelles EOPS et la 18eme génération