Etablissement d’une stratégie de gestion génétique in situ pour la race locale « noire de Challans »

La poule Noire de Challans est une race locale originaire de la région s’étendant entre Nantes et Challans en Vendée. La population est actuellement maintenue dans son aire de répartition grâce à l’activité de plusieurs éleveurs assurant le renouvellement des cheptels. A l’instar de nombreuses races locales, la gestion génétique de la population est difficile en raison de généalogies imparfaitement connues. Le but de cette étude a été de mettre en place une gestion in situ de la diversité génétique de la Noire de Challans par l’utilisation de marqueurs moléculaires. Quatre-vingt-seize marqueurs SNPs ont été sélectionnés à partir d’une liste obtenue lors de travaux antérieurs. Testés au sein de la population de Noire de Challans, ces marqueurs présentent un niveau élevé de diversité (Fréquence moyenne de l’allèle minoritaire égale à 0.358). Un léger déficit en hétérozygote causé par un effet Wahlund a été détecté dans la population. Une analyse in silico a ensuite permis de confirmer que les marqueurs choisis étaient parfaitement compatibles avec leur utilisation dans le cadre d’une assignation de parenté chez la Noire de Challans (probabilité d’identité de 4.24x10-27 et probabilité d’exclusion de 0.999). Finalement, une procédure itérative reposant sur un algorithme de type “recuit-simulé” a été mise en place afin de définir le plan de croisements permettant de maximiser la distance génétique moléculaire observée entre mâles et femelles à associer. La reconstruction a posteriori du pedigree à l’aide de ces marqueurs permettra de gérer in situ les populations de Noire de Challans en limitant l'accroissement de la consanguinité. Ces résultats représentent une preuve de concept qu’il sera possible d’étendre à d’autres races locales pour lesquelles les informations généalogiques sont partielles ou absentes.