Effets de la teneur en énergie et en protéines de l'aliment sur la composition du microbiote caecal chez le lapereau

L’objectif de ce travail était d'évaluer l'effet de la densité nutritionnelle de l’aliment: haute (aliment H : 10,37 MJ ED/kg et 102 g PD/kg) ou basse (aliment B : 9,63 MJ ED/kg et 95 g PD/kg), sur l’évolution des communautés microbiennes du caecum entre 18 et 49 jours d’âge. Nous avons utilisé 366 lapereaux qui ont été répartis en 2 lots (H et B) à 18 jours d’âge (J18), différant par l’aliment consommé entre J18 et J49. A 18, 28, 35, 43 et 49 jours, 10 lapereaux par lot ont été sacrifiés et le contenu caecal prélevé. L'analyse phylogénétique des communautés bactériennes caecales a été réalisée par pyroséquençage de gènes codant pour l'ARNr 16S. Nos résultats montrent qu’une augmentation de la densité nutritionnelle de l’aliment a un effet sur les abondances relatives de 6 genres bactériens. Les abondances relatives étaient plus élevées pour les genres Shuttleworthia, Anaerostipes, dgA11 gut group et Odoribacter, et inférieure pour le genre Oxalobacter et un genre non classé de la famille S24-7 dans le lot H que dans le lot de B (P<0,05). La composition du microbiote était moins variable et tendait vers la stabilité plus rapidement dans le lot H par rapport au lot B. La santé animale n'a pas été affectée par le régime alimentaire (P=0,51). En conclusion, notre étude montre que l’implantation du microbiote digestif peut être modulée par la densité nutritionnelle de l’aliment et qu’un aliment plus riche en énergie et en protéine semble plus favorable à la mise en place d’un écosystème stable.