Effets de la diversité ichtyologique sur les performances d’un circuit fermé et ses communautés microbiennes

Face au changement climatique, le développement des élevages en circuit fermé est un enjeu majeur pour le développement de l’aquaculture continentale (économie d’eau et de foncier, contrôle des conditions d’élevage). Toutefois, ce système de production reste pénalisé par des coûts de production élevés (augmentation des coûts de l’énergie). Il faut promouvoir des approches innovantes pour optimiser les ressources disponibles (eau, aliment, volume). L’application de la polyculture et l’intégration de la biodiversité en circuit fermé apparaît comme une hypothèse pertinente à prospecter. Toutefois, cette approche doit prendre en compte l’ensemble des effets sur le système de production, notamment sur l’environnement microbien qui joue un rôle majeur dans ces systèmes. Objectif Mettre au point un protocole de désinfection pour standardiser de l’état microbien initial des circuits fermés afin de pouvoir s’affranchir de l’effet « histoire des circuits fermés ». Etudier les effets d’une biculture de sandre et de tanche par comparaison à des monocultures des deux espèces en circuit fermé. Evaluer les effets de la diversité ichthyologique sur la diversité des communautés microbiennes des circuits fermés et identifier les principales voies de vectorisation. Méthodologie Fin 2022, une première expérience a mobilisé 12 circuits fermés pour comparer 3 protocoles de désinfection (4 réplicas). L’expérience a duré 30 jours, des prélèvements d’eau ont été réalisés 16, 23 et 30 jours après la fin des traitements pour la réalisation d’analyses d’ADN microbien (16S rRNA) pour caractériser la biodiversité microbienne. Fin 2023, après avoir appliqué le meilleur protocole de désinfection obtenu avec l’expérience 1, une seconde étude a été menée sur 4 mois avec trois traitements : une monoculture de tanche, une monoculture de sandre et une biculture tanche – tanche (50-50 en biomasse) avec une même biomasse initiale introduite (12 circuits fermé, 4 réplicas). Des prélèvements mensuels d’eau, de biofilms (parois des bassins), de fèces et de mucus ont été réalisés pour des analyses d’ADN microbien, ainsi que des prélèvements de sang sur les poissons pour évaluer leur état physiologique. Résultats Pour la première expérience, il a clairement été démontré que le traitement 2 permettait un traitement efficace des circuits fermés et l’obtention d’un état microbiologique « standardisé » avec une biodiversité microbienne homogène. La comparaison des données zootechniques des monocultures et de la biculture de tanche et de sandre ne montre pas de différence, toutefois le comportement « nettoyeur » de la tanche est net. Pour les analyses d’ADN, les premiers résultats seront prochainement disponibles. Conclusion Un protocole de standardisation et d’homogénéisation de l’état microbiologique initial des circuits fermés a été mis au point, il va permettre d’étudier les effets des facteurs régulant les communautés microbiennes en s’affranchissant de l’effet « histoire des bassins ». Les effets de l’espèce de poisson sur les communautés microbiennes des circuits fermés sont en cours d’analyse.