Effets combines de la génétique et du microbiote intestinal sur la réponse vaccinale chez la poule pondeuse.

La plupart des vaccins présentent une efficacité variable. Les variations génétiques de l’hôte et celles du microbiote intestinal en sont deux des raisons probables. Etudier leurs effets combinés sur la réponse vaccinale est notre objectif. Cette étude a reposé sur 4 lignées de poule pondeuse : 2 lignées expérimentales différant pour le niveau de leur réponse vaccinale, et 2 lignées commerciales éloignées génétiquement. Une forte perturbation du microbiote intestinal a été induite par un cocktail d'antibiotiques donné à deux temps différents (de 1 à 3 jours d’âge ou pendant 3 jours avant vaccination). La réponse vaccinale a été suivie par des tests d’inhibition de l’hémagglutination et la composition du microbiote caecal a été évaluée par analyse de séquences amplifiées du gène de l’ARNr 16S. Les quatre lignées ont présenté des niveaux de réponse vaccinale différents 15, 19 et 21 jours après vaccination. Nous avons logiquement observé une réponse plus élevée de la lignée sélectionnée génétiquement pour ce caractère, intermédiaire pour la lignée témoin non sélectionnée et faible pour les deux lignées commerciales. Les effets des antibiotiques sur la réponse vaccinale ont varié selon la lignée, avec une dynamique différente selon le temps. Ainsi, une lignée commerciale a montré une réponse plus faible que les autres dans le groupe ayant reçu les antibiotiques juste avant vaccination. Enfin, la prise d'antibiotiques a eu un effet sur la composition du microbiote intestinal caecal au jour 43 (fin de l'expérience) pour chaque lignée. Le microbiote des animaux traités est moins riche et moins diversifié, avec un microbiote composé de quelques VSA (Variant de séquence d'amplicon) dominants d’abondances extrêmement élevées. De plus, nous avons identifié un effet de groupe dans presque tous les cas. Ces résultats montrent que la prise d'antibiotiques a modifié le microbiote des quatre lignées jusqu'à 20 jours, ou 40 jours après le traitement. Cette expérience confirme l'effet de la prise d’antibiotiques et de la lignée génétique sur le niveau de réponse vaccinale et la composition du microbiote dans les lignées étudiées. Le rôle du microbiote intestinal dans la variation de la réponse vaccinale reste à approfondir.