Effet du système d'élevage des poules pondeuses sur la qualité microbiologique des œufs coquilles

L’évolution des modes d’élevage des poules pondeuses est déjà bien engagée, pour arrêter l’élevage en cage et s’orienter vers des systèmes alternatifs favorisant le bien-être animal. L’effet sur la qualité microbiologique des œufs reste à évaluer. Un des objectifs du projet ELEV'OP est d'évaluer l'impact de différents systèmes d'élevage sur la qualité microbiologique de la surface des œufs. Deux souches de poules Lohmann ont été étudiées à un âge moyen de 58 semaines : 13 élevages Brown Classic et 13 White répartis dans 3 systèmes d'élevage (cage, sol et plein air). La population microbienne de la surface des œufs a été évaluée par dénombrement de la flore totale aérobie mésophile, psychrotrophe et sporulée psychrotrophe, des entérocoques et des entérobactéries présumées, et comparée à la contamination de l’air dans la salle d’élevage et sur le convoyeur. Dans le même temps, une approche Métabarcoding 16S a été mise en œuvre pour caractériser plus précisément les communautés bactériennes présentent à la surface des œufs. La charge microbienne est très variable entre les élevages, la flore totale aérobie mésophile en surface des œufs variant de 1,6 à 5,9 log UFC/cm² de coquille. L’analyse quantitative ne montre pas d’effet du système d’élevage sur les flores dénombrées dans cette étude. Un effet de la saison (chaude/froide) est mis en évidence pour la flore totale psychrotrophe sur la coquille qui est plus présente en saison froide (5,3 versus 4,6 log UFC/g), inversement à la présence d’entérocoques qui domine en saison chaude (0,8 versus 2,6 log UFC/cm²). La présence d’entérocoques sur les coquilles est corrélée à celle dans l’air (R = 0.51). L’analyse qualitative met en évidence une « signature microbienne » démarquant le système d'élevage en cage des systèmes alternatifs, notamment par une en plus grande proportion Lactobacillus et une forte association avec les Megamonas et Lachnoclostridium pour le système cage. Le système d’élevage à un effet sur le profil des communautés bactériennes à la surface des œufs, mais la saisonnalité et les pratiques d’élevages (gestion de l’ambiance, fréquence de nettoyage…) apparait comme plus impactant que le système d’élevage sur le dénombrement des flores bactériennes à la surface des coquilles.