Effet de Bacillus sp. PB6 (ATCC PTA-6737) sur le microbiote caecal des poulets de chair dans quatre élevages Belges

Les bénéfices des probiotiques appartenant aux Bacillus spp. pour les volailles, notamment ceux Bacillus sp. PB6 (ATCC PTA-6737), ont été mis en lumière par de nombreuses études au cours des deux dernières décennies. Ces dernières ont permis de comprendre certains des modes d’action qui expliquent les bénéfices de Bacillus sp. PB6 (PB6), tels que la production de métabolites secondaires à activité antibactérienne, la stimulation du système immunitaire, ou encore l’amélioration des performances. Cependant, les effets de ce probiotique sur le microbiote intestinal du poulet de chair n’ont pas encore été entièrement élucidés. L’objectif de cette étude était donc d’étudier l’effet d’une supplémentation via l’eau de boisson de PB6, apporté à la dose de 10⁸ CFU/L, sur le microbiote caecal de poulets de chairs. Pour ce faire, un bâtiment contrôle (sans ajout de probiotique) et un bâtiment supplémenté avec Bacillus sp. PB6 ont été identifiés dans les considérés pour cette étude. Les échantillonnages ont été réalisés dans quatre élevages commerciaux situées dans le nord de la Belgique afin de tenir compte de la variabilité inter-élevage. La supplémentation avec Bacillus sp. PB6 s’est effectuée dès la réception des poussins (J0) jusqu’à l’abattage (J40). A l’âge de 10 jours et de 28 jours, 10 à 14 poulets mâles ont été euthanasiés par groupe afin de collecter les contenus caecaux pour l’analyse de microbiote après un séquençage de l’ARNr 16s. Les analyses de différences hiérarchiques d’abondance en fonction des traitements ont été faites en utilisant treeclimbR pour identifier les groupes taxonomiques d’intérêt, et EdgeR pour la réalisation des tests d’hypothèse. Les corrections post hoc ont été réalisées par la procédure de Benjamini-Hochberg avec un seuil de significativité statistique et biologique fixés à alpha = 0.05 et LogFC = |2|, respectivement. L’ajout de Bacillus sp. PB6 a significativement modifié la composition de la flore caecale des animaux supplémentés en comparaison au groupe contrôle, notamment en termes d’abondance de certains variants de séquence d'amplicon à J10. Les effets observés sur le microbiote caecal des poulets de chair ont été plus importants en début d’essai, pendant que le microbiote était encore en cours de développement.