Écologie microbienne de lignes de fabrication de foies gras de canard pasteurisés

L’écologie microbienne de lignes sur trois sites industriels (E1, E2, E3) a été étudiée lors de la fabrication de foie gras bloc avec morceaux pasteurisé. Cette étude a été réalisée par quantification des flores par microbiologie. En parallèle, une semi-quantification (qualification) a été menée par métagénomique globale (Méta 16S) et métagénomique ciblée pour les Clostridies. Les échantillons ont été prélevés par le CTCPA au cours de la transformation du FG pasteurisé : depuis l’éviscération jusqu’au traitement thermique. Les flores lactiques et les flores anaérobies (inclus les clostridies) sont présentes dès l’entrée des lignes à l’éviscération et comprise entre < 10 et 103 UFC/g selon l’entreprise. Les flores lactiques et/ou anaérobies se développent ensuite aisément sur lignes de fabrication, notamment au niveau de la cutter, et augmentent jusqu’à une concentration maximale comprise entre 5 et 6 log UFC/g au niveau de l’emboitage pour E2 et E3 mais < 5 log UFC/g pour E1. Le cutterage à 30°C et le temps d’attente consécutif sont des étapes potentiellement à risque sur la ligne de fabrication car les flores se développent fortement et une concentration importante pourrait conduire à une sporulation. Une flore sporulée est détectée avec une occurrence variable mais faible, tout au long de la ligne de fabrication pour E2 et seulement au niveau de la cutter pour l’entreprise E1. La qualification des flores par métagénomique globale n’a pas permis de détecter les clostridies avant traitement thermique : flores probablement en quantité très minoritaire dans les échantillons (entre 1 à 10 UFC/g), comparées aux bactéries lactiques. Avant traitement thermique, les flores rencontrées sont en entrée de ligne principalement des entérobactéries, remplacées progressivement par des bactéries lactiques : Carnobacterium, Lactobacillus, Leuconostoc… Après traitement thermique, les clostridies sont détectées par métagénomique globale, ou ciblée, avec comme espèces principales ou apparentées : C. algidicarnis, C. estherteticum, C. tagluense, C. bowmanii, C. frigidicarnis, C. sordelii. Certaines espèces présentent des potentialités d’altération, observées par approche challenge test dans une précédente étude. Ces analyses qualitatives et quantitatives permettent d’avoir une meilleure connaissance et donc une meilleure maitrise des flores bactériennes en amont et en aval du traitement de pasteurisation, dans le but d’obtenir finalement une meilleure conservation des produits.