Diagnostic de l’Anémie Infectieuse du Saumon : développement et validation d’une méthode PCR en temps réel au Laboratoire National de Référence

L’Anémie Infectieuse du Saumon (AIS) peut provoquer de très importantes mortalités chez le Saumon Atlantique (Salmo salar, induisant des anémies sévères et des hémorragies au niveau de plusieurs-organes. Le virus peut également être retrouvé chez d’autres espèces de salmonidés, la truite fario (Salmo trutta) et la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). L’agent étiologique est un virus à ARN négatif (vAIS), qui appartient à la famille desOrthomyxoviridae, genreIsavirus, dont le génome segmenté (n=8) code au moins 10 protéines. Le segment 6, qui correspond à l’hémagglutinine estérase (HE), contient une zone hautement polymorphique dite HPR (highly polymorphic region) caractérisée par la présence de délétions larges (gaps). Le vAIS peut ainsi être présent chez son hôte sous deux formes : HPR0 - non pathogène, ou HPR-deleted - pathogène. Le vAIS, qui est réglementé par l’Union Européenne (Loi de Santé Animale 2016/429, catégorie C+D+E), est présent au Canada et aux Etats-Unis. Sur le continent Européen, il n’a été décrit qu’en Norvège, en Islande, aux Iles Féroé et en Ecosse. La France est reconnue indemne de ce virus. Différentes méthodes de diagnostic sont disponibles pour détecter le vAIS. Dans le cadre d’opérations de surveillance de populations apparemment saines, le recours à des méthodes de PCR temps réel et conventionnelles est recommandé. Dans le cadre de confirmations de suspicions ou de positivités, il convient de séquencer le segment 6, ce qui permet de discriminer les souches HPR-deleted pathogènes des souches HPR0 non-pathogènes. Objectifs : Dans un contexte où plusieurs projets de fermes de saumons pourraient voir le jour en France, le Laboratoire National de Référence (LNR) pour les Maladies réglementées des poissons a souhaité mener un travail d’optimisation de ses outils de diagnostic moléculaire pour ce virus. Méthodologie : Une méthode qualitative de diagnostic par PCR en temps réel spécifique du vAIS a été développée selon la technique publiée par Snow et al. (2006) et recommandée dans le manuel de diagnostic du Laboratoire de Référence de l’UE pour les maladies réglementées des poissons. Un panel d’échantillons de vAIS HPR0 et HPR-deleted représentatif de la diversité génétique des souches (fourni par le Norwegian Veterinary Institute) a été utilisé pour valider la méthode selon les recommandations de la norme NF-U47-600-1 et 2 « Méthodes d’analyse en santé animale – PCR ». Le processus de validation de la méthode consiste à vérifier l’inclusivité et l’exlusivité, la robustesse ainsi que les limites de détection PCR et méthode. Résultats et Conclusion : Les résultats de performance de la méthode sont conformes aux spécifications attendues. La méthode de détection du vAIS par PCR temps réel a été validée par le LNR et est opérationnelle. Snow, M., McKay, P., McBeath, A.J., Black, J., Doig, F., Kerr, R., Cunningham, C.O., Nylund, A. and Devold, M. 2006. Development, application and validation of a Taqman real-time RT-PCR assay for the detection of infectious salmon anaemia virus (ISAV) in Atlantic salmon (Salmo salar).Dev Biol (Basel) 126, 133-45; discussion 325-6, doi: