Développement de l’assignation de parenté pour la reproduction en volière de la perdrix grise

Contexte : La reproduction de la perdrix grise est aujourd’hui réalisée dans des cages où les animaux sont placés en couples. Ces conditions permettent d’enregistrer le pedigree sur lequel repose l’évaluation génétique des reproducteurs, ainsi que les plans d’accouplement permettant de gérer la consanguinité. Cependant l’usage de la cage est remis en cause à l’échelle européenne pour toutes les productions animales. Au-delà de ce contexte, dans le cas du gibier, l’élevage des animaux en volière permettrait de se placer dans des conditions plus proches de celles que connaitront leurs descendants qui seront relâchés. Un outil moléculaire est cependant indispensable pour accéder au pedigree des animaux. Objectif : L’objectif de cette étude est de mettre au point un panel d’assignation de parenté SNP de petite taille pour la perdrix grise. Méthodologie : Trois-cent-quatre-vingt-quatre SNP identifiés précédemment dans des données de séquençage de type RAD-Seq ont été génotypés en technologie Kaspar sur 95 échantillons d’une lignée de perdrix grises. Il s’agissait de 41 descendants issus de 27 couples. Les échantillons et les marqueurs ont été filtrés sur leurs taux de données manquantes, sur l’équilibre d’Hardy-Weinberg, sur le nombre d’incompatibilités mendéliennes, et sur leur polymorphisme. Un test d’assignation de parenté a ensuite été réalisé sur le même jeu de données. Résultats : A l’issue des filtres de qualité, la liste de marqueurs candidats pour le panel comptait 132 SNP. Après classement en fonction de la fréquence de leur allèle mineur (MAF), la MAF des 96 meilleurs SNP était comprise entre 0,15 et 0,5, et de 0,34 en moyenne. L’assignation de parenté réalisée avec tous les échantillons exploitables sur ce panel a permis d’assigner sans erreur les 29 perdrix dont les deux parents étaient présents dans le jeu de données. Conclusion : L’assignation d’un petit jeu de données a fonctionné avec le panel développé dans cette étude. Le génotypage sur cet outil de perdrix grises issues d’une reproduction en volières et de leurs parents est en cours pour un test de l’outil à plus grande échelle. Cette seconde assignation permettra aussi d’observer le résultat de la reproduction de perdrix grises élevées en groupe et non plus en couples.