Developpement d’une puce de genotypage haute densite 600k pour le canard commun et le canard de barbarie

La sélection génomique est aujourd’hui largement utilisée pour l’amélioration génétique des animaux et des plantes. Chez le canard, cette méthode pourrait permettre d’améliorer le progrès génétique pour des caractères non-mesurables sur les candidats à la sélection (létaux, exprimés chez un seul sexe, ou mesurés sur l’hybride pour la sélection des lignées pures). Malgré l’intérêt potentiel de l’utilisation de la sélection génomique chez le canard, aucun outil moderne de génotypage n’est disponible pour les canards commun (Anas platyrhynchos) et de Barbarie (Cairina moschata). Cette étude décrit la finalisation de l’assemblage du génome du canard de Barbarie, et la mise au point d’un outil de génotypage haut-débit et haute-densité pour les 2 espèces : une puce 600K Thermo Fisher SNP. L’assemblage du génome du Barbarie a permis d’obtenir 3702 scaffolds avec un N50 de 2,4 Mb. Les scaffolds ont ensuite été ordonnés en chromosomes, par alignement sur le génome du canard commun. Pour l’identification des SNP, des pools (mélanges) d’ADN de canards colvert, de Rouen, ainsi que de lignées commerciales de canards Pékin et de Barbarie ont été séquencés. Les séquences ont été alignées sur les génomes de référence correspondant. A l’issue des contrôles sur la qualité, 8,4 et 12,2 millions de SNP avec une Minor Allele Frequency (MAF) ≥ 0,05 ont été identifiés pour le canard de Barbarie et pour le canard commun respectivement. Les SNP ont été filtrés afin de maximiser le nombre de marqueurs informatifs par population et d’assurer une bonne couverture du génome. A l’issue de ces tris, 343 950 SNP d’une part et 331 241 SNP d’autre part ont été choisis pour les canards commun et de Barbarie.