Developpement d’un panel de marqueurs snp pour detecter l’hybridation entre la caille des bles et la caille japonaise.

La Caille des Blés (Coturnix coturnix) est une espèce migratrice couramment chassée en Europe. Des lâchers sont effectués dans les pays où cette pratique est autorisée afin de supplémenter les populations naturelles de cette espèce. De récentes études ont prouvé que certains individus de lâchers sont issus de l’hybridation avec la Caille japonaise (Coturnix japonica), espèce élevée pour sa chair et ses œufs. L’objectif de cet article est donc de proposer un jeu de marqueurs et une méthodologie statistique permettant de distinguer les individus C. coturnix des individus C. japonica et de leurs hybrides. A partir de données de séquençage issues de 20 C. japonica et 2 C. coturnix, 1.7 millions de SNP ont été détectés. Parmi ceux-ci, 192 marqueurs candidats ont été choisis comme potentiellement discriminants et testés sur des populations de référence. Comme attendu, la différenciation génétique estimée sur la base de ces marqueurs entre les deux espèces est forte (FST=0.80). Trente-deux marqueurs diagnostics de l’espèce ont pu être mis en évidence. Ils ont été inclus dans un panel de 96 marqueurs sélectionnés pour leur puissance statistique à discriminer les individus des deux espèces. Un traitement statistique ad hoc a été utilisé afin d’exploiter l’information produite par ce panel. Les résultats de simulations indiquent que la méthode permet de distinguer les individus issus de rétrocroisement jusqu’à la 3ème génération avec un taux d’erreur d’assignation d’environ 1%. Testée sur des individus issus d’élevage, cette méthode démontre son utilité pour écarter les individus issus d’hybridation. Cette méthode est un nouvel outil permettant de contrôler le niveau d’introgression génétique de C. japonica dans les populations naturelles de C. coturnix.