Détection et caractérisation des virus de la bronchite infectieuse au Maghreb : pièges et opportunités Detection and characterisation of infectious bronchitis viruses in North Africa: traps and opportunities

Le virus de la bronchite infectieuse (IBV) est un coronavirus aviaire responsable de troubles respiratoires, reproductifs et rénaux chez les volailles. Le virus est répandu dans le monde entier avec au moins 8 génotypes et 37 différentes lignées décrites. IBV a une grande capacité de mutation et de recombinaison ce qui nécessite une surveillance continue de ce virus. Les méthodes utilisées pour la détection et la caractérisation de ce virus doivent prendre en considération sa grande diversité génétique. La surveillance et la caractérisation de IBV en utilisant des outils adaptés est primordiale pour le contrôle de la maladie en élevage avicole. Objectifs : Cette étude terrain visait à évaluer la contribution de IBV dans la pathologie respiratoire au Maghreb et à caractériser les souches de virus en circulation dans cette zone. Méthodologie : Dans le cadre d'une enquête sur deux ans, 280 lots de poulets de chair présentant des signes respiratoires aigus ont été prélevés en Algérie, au Maroc et en Tunisie. La présence de IBV a été recherchée par une technique de RT-qPCR universelle ciblant la région non transcrite 5’ (5’UTR). Les IBV détectés ont été par la suite séquencés en ciblant la région hyper variable 3 (HVR3) pour génotyper le virus et, le cas échéant, le différencier des souches vaccinales. En particulier, les échantillons positifs pour la souche vaccinale 1/96 ont été criblés par une RT-qPCR spécifique aux virus du groupe 793B. Résultats : L'analyse phylogénétique a démontré la co-circulation de sept lignées de IBV dans la région du Maghreb. Ces lignées sont GI-1, -12, -13, -19, -21, -23 et la lignée "nord-africaine". Dans les 45 lots positifs pour la souche vaccinale 1/96 du groupe 793B (GI-13), une infection concomitante par une autre souche IBV a été confirmée dans 18 lots (soit 40%). Conclusion : Une surveillance continue de IBV est recommandée pour maintenir un niveau élevé de connaissance des nouveaux variants émergents de ces virus. Au-delà de la charge virale minimale nécessaire dans l’échantillon pour détecter le virus, l’utilisation d’outils spécifiques de caractérisation est essentielle. La persistance des souches vaccinales IBV dans la trachée peut compromettre les efforts de détection des souches sauvages sur le terrain ; en effet, une détection incomplète des souches de virus infectant un lot risque de compromettre l’efficacité des mesures de lutte à long terme.