Décontamination des camions et cages de transport de canards : étude descriptive dans le sud-ouest de la France durant l’épizootie d’influenza aviaire 2020-2021

En 2021, le contrôle de l’épizootie d’Influenza Aviaire (IA) a nécessité l’abattage d’un nombre important de troupeaux de canards dans le Sud-Ouest de la France. Une étude menée dans des conditions similaires en 2017 avait montré que la décontamination des caisses et camions utilisés pour le dépeuplement était souvent insuffisante. Cette nouvelle étude visait à évaluer l’efficacité du nettoyage et de la désinfection (N&D) des camions et caisses durant l’épizootie 2021 et déterminer si les pratiques avaient évolué depuis 2017. Un second objectif était d’estimer la corrélation entre les résultats des méthodes d’évaluation du N&D par i/ détection du génome d’influenzavirus (IAV) sur les surfaces, ii/ inspection visuelle de la propreté des caisses, iii/ dénombrement microbiologique sur prélèvement de surface, ces deux dernières méthodes étant usuellement utilisées en abattoir. Dans cinq abattoirs, huit camions et leurs caisses ont été prélevés par chiffonnage et écouvillonnage (208 échantillons) pour détecter par rRT-PCR la présence de génome IAV avant et après N&D. Une inspection visuelle de la propreté et des dénombrements des coliformes thermotolérants par écouvillonnage et boîte de contact ont été réalisés après N&D. Les protocoles de décontamination utilisés étaient propres aux abattoirs. Avant N&D, 75 % des caisses étaient positives pour le génome IAV et sept camions sur huit. Les procédures de N&D ont été renforcées en 2021, avec l’utilisation plus courante d’eau chaude et de détergent. Cependant, 28 % des caisses étaient encore positives IAV après N&D, bien que la propreté et les dénombrements bactériens aient été jugés satisfaisants pour respectivement 84 % et 91 % des caisses. Aucune corrélation n’a été observée entre les résultats de détection de génome viral et ceux de l’inspection visuelle et des dénombrements bactériens. La détection de génome IAV par rRT-PCR sur prélèvements de surface constitue la méthode la plus indiquée pour évaluer la décontamination des camions et caisses de transport dans un contexte d’IA. Renforcer les procédures de décontamination est encore nécessaire pour éviter une contamination résiduelle en IAV, avec une vigilance accrue sur les risques de contaminations croisées lors des processus.